安徽农业大学工学院的前身为1958年建立的安徽农学院农业机械系,1959年开始招生,1989年农业机械系更名为农业工程系, 2001年更名为安徽农业大学工学院。五十多年来,学院已为国家培养输送了6000多名高级工程专门技术人才,毕业生遍及省内外机械制造企业、农业机械科研与管理部门、建筑工程设计部门、大专院校和政府机关,他们在不同的工作岗位上为国家及地方的发展做出了突出的贡献。先后有100多名毕业生出国进修、攻读学位和合作研究,部分学成回国已成为国内知名企业家、单位首席专家、博士生导师、学科领域的学术或技术带头人。
学院设有农业机械系、机械电子工程系、建筑环境与能源工程系、工学基础教学部、工学院实验中心、机电工程园等六个基层教学单位。现有农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、车辆工程、农业水利工程、农业建筑环境与能源工程、电气工程与自动化六个一本专业。其中农业机械化及其自动化专业2010年被教育部批准为国家级特色专业,机械设计制造及其自动化专业2008年被省教育厅批准为省级教改示范专业,农业建筑环境与能源工程专业2010年被省教育厅批准为省级特色专业,工学实验教学中心2005年被批准为省级基础实验示范中心。目前,全日制在校本科生1679人,研究生89人。近三年来,毕业生的一次就业率均在90%以上,位居学校前列。