目前，华东理工大学EMBA教育管理工作也存在一定不足之处。华东理工大学开展EMBA教育是第二批获准的，虽尚不能与国内一流高校相匹敌，但具有一定的区域影响力，学员间的口碑宣传对招生工作产生了显著的积极影响。这导致了学员们通过百度、谷歌等搜索网站，搜索华东理工大学EMBA招生，并不是华东理工大学的在职EMBA项目招生网页，这其中反映了辅导班营销模式的必然性，也反映了华东理工大学EMBA宣传力有待加强。

首先是教师考核制度尚需完善。尽管经过十余年发展，华东理工大学EMBA教育拥有了一支科研能力雄厚、教学经验丰富的师资队伍，但对于教师的考核方式落后，考核制度不完善，这对提升教师的工作效率，全面提升教学水平缺乏制度方面的激励。

其次是社会开放性弱，与企业联系不密切。华东理工大学EMBA教育工作主要集中于学校，更注视依托学校的教育，与企业合作形式单一，与企业关系相对松散，缺乏紧密交流。这也导致了华东理工大学EMBA项目部分课程和部分教师的实战经验欠缺。

再次是学员实践活动少。目前，华东理工大学与国内多家企事业单位建立实训基地，但华东理工大学EMBA学员实习活动仍较少，这导致华东理工大学EMBA学员在学习期间接触积累的实战经验少，这与作为应用教育的在职EMBA教育的目标存在一定差距。