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成立于1915年。现有83个专科分会，50万名会员，下设部门16个，法人实体机构3个，另与学院合办医学图书馆1个。本系以团结、组织广大医学科学技术工作者，遵守国家宪法、法律和法规，贯彻国家科学技术工作和卫生工作方针为宗旨。本系的主要业务包括：开展医学学术交流;编辑出版123种医学、科普等各类期刊及100余种音像出版物;开展继续医学教育;开展国际间学术交流;开展医学科技项目的评价、评审和医学科学技术决策论证;评选和奖励优秀医学科技成果(包括学术论文和科普作品等);开展专科医师的培训和考核等。