1998年11月由广东省高教厅和国家中医药管理局批准广州中医药大学招收公共(卫生)事业管理本科专业,1999年4月挂牌正式成立了管理学院,并于同年9月开始招收首届公共事业(卫生)管理本科专业学生;2001年开办应用心理学成人大专,同年开始招收中医心理学研究方向的硕士研究生;2002年开设招收国际经济与贸易本科专业;2003年学院更名为经济与管理学院,同年获得社会医学与卫生事业管理硕士学位授予权;2004年开始招收应用心理学本科专业。2005年10月学院整体搬迁到番禺区大学城校区,独立的经管楼建筑面积5000平方米,教学条件大为改善。2002年公共管理事业专业通过教育部本科教学评估;2006年国际经济与贸易专业通过广东省教育厅新专业建设评审;2007年应用心理学专业获得广东省中医药学会颁发的“学科建设突出贡献奖”,2008年应用心理学专业通过广东省教育厅新专业建设评审。目前该院在校学生总数已经达到1400多人,学院建设进入一个新的快速发展的阶段。