合肥工业大学食品工程专业也开展在职研究生教学工作，合肥工业大学"食品工程"领域在食品现代加工、食品工程装备、食品质量与安全3个方向形成显著特色。合肥工业大学具有良好的教学环境，为培养高层次应用型、复合型工程管理和工程技术人才提供了充分的保障。学制为3年，合肥工业大学在职研究生学习该专业的学员同样采取进校不脱岗的教学方式，合肥工业大学在职研究生专业课程大多数安排在节假日，所以学员可以利用业余时间进行系统的专业知识的学习，合肥工业大学结合学科特点和学员发展的需要开展研究生课程教学工作。

合肥工业大学食品工程专业的课程研究生课程分为学位课程和非学位课程。学位课程包括：公共学位课程和专业学位课程；非学位课程包括：公共必修课程和专业选修课程。学位课程合格成绩为75分，非学位课程合格成绩为60分。专业课程的设置应体现重实际应用，博前沿知识，着重突出专业实践类课程和工程实践类课程。

课程学习、实践教学采用学分制，课程学习和实践教学总学分不少于32学分，其中学位课程不少于12学分，公共必修课程4学分，实践环节6学分。课程设置要以实际应用为导向，职业需求为目标，以综合素养和应用知识与能力的提高为核心，体现本专业学位类别研究生应具有的基础理论和专门知识结构的基本要求。教学内容要加强理论性与应用性课程有机结合，突出案例分析和实践研究，教学过程要重视运用团队学习、案例分析、现场研究、模拟训练等方法，提高专业素养及就业创业能力。