合肥工业大学在职研究生在课程设计上以严格遵循教育指导委员会对在职研究生的课程的统一要求为前提，力求突出鲜明的本校特色，体现学员的发展需要，合肥工业大学在职研究生的课程分为研究生公共必修课程、必修课程和选修课程等，其中，选修课程分为综合选修课程和方向选修课程。

合肥工业大学在职研究生的课程学习采用学分制，合肥工业大学在职研究生需要在规定时间内完成专业课程的学习和考核，修满学分，合肥工业大学在职研究生的课程设置一般是在16门左右，合肥工业大学在职研究生可以利用节假日时间到校参加研究生的课程学习。因为合肥工业大学在职研究生需要一边工作一边学习，所以合肥工业大学在组织安排在职研究生的课程教学的时候是根据在职研究生的学习条件组织进行的。

为保障在职研究生的专业知识的掌握程度，合肥工业大学在组织开展在职研究生的教学工作的过程中将主要的课程安排在周六日，或者是其他的节假日，主要是通过面授的方式进行课程教学。另外，为充分的利用本校的硕士研究生的教学资源，合肥工业大学也会利用暑期时间组织在职研究生到校学习和考核，课程考试主要是包括考试和考查，合肥工业大学在职研究生的学位课程一般是以考试为主，非学位课程是以考查为主，合肥工业大学在职研究生课程的考试一定要在60分以上，只有达到考试的成绩要求才能修得学分。

合肥工业大学在职研究生的学习时间一般是2年左右，一年时间集中在课程学习，合肥工业大学在职研究生需要认真的参加课程学习，才能提升自己的专业能力和专业素养。