南京大学EMBA通过课程设置，旨在推进学员整体能力的提升。

南京大学EMBA项目采取分阶段层次推进的模块化教学模式。

第一阶段：公共基础课模块。该模块作为南京大学EMBA专业学位教育的基础课程，要求学生完成对基本管理学理论、经济学理论和商务英语的学习。

第二阶段：高阶层管理人员的战略思维与战略管理系统学习模块。该模块侧重于战略、运作和领导等三个方面，系统推进南京大学EMBA学员整体能力的提升。

第三阶段：特色定制模块。经过基本管理理论与经济理论的系统训练，南京大学EMBA学员的学习将推进到特色化模块，针对不同项目生源的特点与中国经济发展的特色，南京大学EMBA为学员提供“特色模块套餐”，采取讲座、案例与课程讲授相结合的方式，拓展学员的全球化视野，突破国有改制企业、民营企业、外商在华投资企业的发展瓶颈；也可以根据特定行业、大企业集团和政府资助的南京大学EMBA班级具体情况，设立订制化的课程与讲座。

第四阶段：整合模块。要求运用所学知识，在指导教授的帮助下围绕所在企业发展中的实际问题进行专题研究，撰写毕业论文并完成答辩，实现不同层次知识的系统整合。南京大学EMBA该模块一般在课程结束后一个月内启动。

在南京大学EMBA学习阶段，南京大学EMBA教育中心将结合课程教学为学员安排高水平的专题讲座。通过专题讲座，让学员了解最新的管理理论与实践，丰富学生的知识面与知识结构。