通过建立第二课程，是目前南京理工大学EMBA教育日益重视的项目。为了丰富南京理工大学EMBA学生的课外生活，并且切实提高他们的实战能力和答理经验，南京理工大学将定期举办企业家论坛，邀请国内外知名企业家来院作专题讲座；还将组织EMBA学员到实习基地进行实践检验，提高管理技能。

EMBA学生大多利用业余时间学习，上课的时间也不尽相同。我们将设计网络课程系统，使南京理工大学EMBA学生在家里或工作单位上网选课，同时查阅自己所修课程的各项档案。同时开发在职EMBA学生选课的自由度，打破通常教学答理中的大锅饭状况，提高教师的市场意识。

此外，经过几年的办学实践，形成了以EMBA核心课为主体，专业选修模块与第二课堂为辅的课程系统,结合南京理工大学的优势特长，开设企业危机管理、投资评价与项目可行性分析、旅游规划等30门选修课。再次经过EMBA核心课程学习后，为南京理工大学EMBA学员提供战略答理与危机管理、金融与投资管理、运营与质量管理、人力资源管理、市场营销管理、旅游管理等专业模块进行选择。