EMBA教育不同于一般学术教一育，它的学生平均职位层级高、管理经验多，工作时间长，这些企业精英对于课程的要求更高。因此在职EMBA教育质量首先要体现在贴合学生需求的课程体系的设置上。国内商学院的课程设置多脱胎于国外的课程体系，随着十多年的发展更是结合中国国情加入了些中国特色。

目前一些大型认证机构如为上海交通大学EMBA及各大商学院提供了一个统一的课程体系基准，即基础理论课程、工商管理职能课程、工具课程、人文社会学课程和管理实践课程，这成为当今全球通用的EMBA课程体系。由于EMBA教育是在MBA教育的基础上产生的，因此课程体系也同样适用于各商学院的EMBA项目。虽然，国外商学院有统一课程体系可以参考，但上海交通大学EMBA在课程设置方面却是显得更为灵活。

此外，相比国外商学院以突出特点为目标的办学理念，上海交通大学EMBA在办学理念与课程设置方面趋于同质化、多元化。这一方面是由于受体制的限制。2002年国务院学位办公室发布了EMBA教育的课程设置方式。学位办规定在至少I8个月的学制周期内，学习课程不少于16门，修满不少于32个学分。课程主要分为必修课、核心课以及选修课三大类型等。