哈尔滨工业大学开设博士专业的学院，主要有航天学院、机电工程学院、材料科学与工程学院、能源科学与工程学院、电气工程及自动化学院、经济与管理学院、人文与社会科学学院、土木工程学院、建筑学院、交通科学与工程学院等。
其中2023年哈尔滨工业大学工程博士专业学位，招生包括：电子信息、机械、材料与化工、资源与环境、能源动力、土木水利、交通运输等专业。
哈尔滨工业大学在职博士采取"申请-考核"面向符合报考条件的所有优秀考生进行选拔。每年度一般进行两次集中"申请-考核"工作，第一次在秋季学期进行面上招生，第二次根据当年度招生指标情况在春季学期进行补充招生。
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