在职硕士课程的合理设置和教学方法的进一步改善是提高在职硕士培养质量的又一重要环节，也是我们在问卷调查中学生不满意率最高的地方。第一个不满是课程设置和讲授本科化倾向严重。课程学习是在职硕士教育中不可或缺的环节，是保证和提高在职硕士教育质量的一个重要因素。可现在，部分在职硕士培养单位的课程设置，无论是在内容还是在教学方法上，都存在着本科化的倾向，在职硕士课程设置与本科课程设置拉不开档次，不少课程是本科阶段的重复加深;当今知识更新的速度飞快，课程和专业内容都应该不断变化更新，可是我国大学里的很多课程仍旧是老面孔，几十年不变制。使用的教材有些还是so年代初编写的，这种情形还并不鲜见。课堂上，还是老师满堂灌的教学模式，讨论、研究的气氛稀薄。课程设置的本科化不仅表现在内容上，还体现在教学方法和考核模式上。大多数课还是老师讲，学生一记笔记，基本上没有什么讨论。考试也还是像本科一样，老师出几道题，学生答卷。清华大学在职硕士院副院长陈皓明教授强调，本科阶段是给学生打下扎实的基础，并教会学习的能力，而在职硕士阶段应围绕培养学生研究、创新能力，因此，老师上课不能照本宣科，应采用讨论式、启发式的教学方式，在职硕士课程学习必须突出研究性和自主性。第二个不满是课程设置的陈旧、单一和随意也是在职硕士课程“面目可憎”的重要原因。北京大学在职硕士院院长王仰麟认为，在职硕士教育的课程建设还是比较薄弱的，特别是缺乏科学、合理的论证，忽视规范性、系统性和完整性，有些还是“因人设庙”，有什么样的老师就开什么课，有些该开的新课因为没有老师就要被取消了。第三个是课程设置脱离实际，且设置太死，缺少可选择性。导致学生不爱上课。对次，我们不能把责任往学生身上推，大多数学生都有着强烈的求知欲，尤其对在职在职硕士来讲，能放下一切，到学校来学习，本身就是很好的证明。关键在于我们开设的课程能不能吸引学生，能不能真正对他们有帮助。
所以，面临基础性学科的分化和应用学科的不断交叉，尤其是边缘学科的形成，知识结构的不断变化，在职硕士的课程设置既需要在深度上重视，反映出本专业的特色，充分体现学科的前沿性;又要在广度上有所考虑，充分体现课程内容的“跨学科性”和“多学科性”。在究生课程学习阶段，应侧重于创新思维的训练和培养，侧重于获取知识和信息的能力和方论的培养，决不应该仅仅停留在扩充知识的层面上。我们必须培养发现问题的能力和在面临问题时寻找答案的能力，这种能力远比知识本身重要。所以设立完善的开放的培养计划，加强教学方式和教学手段的改革，发挥在职硕士学习的主动性，强化其学习能力，注重个性发展，是非常重要的。我们要致力于培养富有创造性的人才。
在职硕士课程的设置还应该反映时代变革的需要，紧紧跟上时代发展的步伐，进行开放式的课程设置，使学生选择对自己事业发展有帮助的课程，真正做到满足学生需求的目的。要改变在职硕士培养与现实脱节的方式，设置一些与实际工作密切相关的课程，培养应用性人才。从近年来在职硕士就业的尴尬局面也可以从一个侧面看出在职硕士课程设置的不合理。由于在职硕士在学习阶段所学知识缺乏实用性，导致在工作中并没有真正发挥作用。有资料显示，近几年在职硕士就业压力已经渐渐来临各高校在职硕士就业率也渐渐回落。造成在职硕士就业出现巨大压力的原因是多方面的，但是，在职硕士课程设置的不合理不能不说是其中的一个重要方面。国家、院校和在职硕士本人都花了大量的时间精力和财力，却没有有效的发挥作用，这不能不说是一个巨大的浪费。所以我们一定要加快课程设置改革步伐，根据企业需求、专业特点和个人意向进行课程设置，加强教学内容与方法的改革，培养出社会需要的人才。
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