根据国务院学位办公室发布了在职EMBA教育的课程设置方式，首先就上海交通大学EMBA项目教育的主要分为了必修课、核心课以及选修课三种类型。其中必修课程包括社会主义经济理论与实践和商务英语；核心课程主要包括了战略管理、营销管理、人力资源管理、信息管理、国际企业管理、领导学、公司理财、管理经济学、组织行为学、数据模型与决策等；选修课程主要包括人力资源管理与开发、项目管理、运营管理、危机管理、创新与变革管理、风险管理、管理沟通与谈判、财务报表分析与经营决策、国际金融、商业伦理、企业研究方法、商法等。

其次上海交通大学EMBA项目课程设置主要包括专业基础课程、行业特色课程、领导力课程三大模块，以培养具有扎实的专业基础和显著的行业特色优势的现代高级管理人才。行业特色课程主要包括现代轨道交通发展战略、交通运输经济学、高速铁路发展前沿、国际物流管理、项目管理、企业信息化管理、交通管理前沿论坛等，充分依靠上海交通大学在国内铁路交通和运输、桥梁工程领域不可替代的突出地位，特别注重在大交通和大物流背景下的管理技能的培养，从而建立国内此领域难以撼动的优势特色EMBA项目地位。

另外，除基本课程设置以外，国务院学位办公室还指出，各高校可根据本校教学资源和EMBA学员的实际情况，具体制订符合本校EMBA教育项目的课程体系，那么由此可见，上海交通大学EMBA教育课程体系的设置更注重实践性与理论知识的充分结合。