虽然传统的“欧洲模式”相继成为许多国家在职博士培养模式的效仿典范，但是，随着培养有专门知识和技能的人才的教育的普及化，培养有专门知识和技能的人才的教育体系也发生了变化。在新的社会经济教育背景之下，一成不变的欧洲个别指导模式似乎己经越来越不能适应当代世界的需要，一系列的问题显现出来。
第一，在职博士生接受导师指导的时间短，影响了在职博士培养的最终质量。随着培养有专门知识和技能的人才的教育的普及化，高校教师的负担越来越重，在职博士生导师的精力更多的被教学等其他方面的工作所占用，大大减少了与在职博士生交流的时间。有调查显示，其中近一半的在职博士生超过三个月与在职博士生导师见一次，每年四次左右与导师的见面机会，这对于传统一对一的“导师一学生”指导模式下培养出来的在职博士生而言，从导师那里获得的指导还是很有限度的。因此，在职博士论文质量的不高，也直接影响了在职博士生的培养质量。
第二，在职博士生教学及审核制度不够健全，忽视青年学术人才流动。在欧洲的很多国家都是以个人学习模式为主，在职博士生没有具体的教学课程，虽然在一些大学也为学生开设一些课程，但此类课程多是自愿参加的研讨性课程，是为在职博士生与导师提供交流研讨的机会。在职博士教育没有系统的课程安排和课程设置，在职博士生常常担任学术助理，本是一种辅助完成论文的短期过渡，却因指导过于放松加之科研辅助工作量大，反而拖累在职博士生长期滞留于此。
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