在职EMBA教育中心是大连理工大学管理与经济学部直属部门，由学部部长专门设立一名副部长担任中心主任全权负责整个中心的行政管理工作。大连理工大学EMBA教育中心内部化为分五个项目部：MBA项目部、EMBA项目部、MBA|EMBA事业发展部以及综合事务部，每一个项目部均设一名副主任和主管若干，协调各部门教职员工完成本部门工作。

首先，MBA项目部：1.负责大连理工大学MBA项目部工作总体发展规划与年度计划的草拟工作，以及年度收支预算工作；2.负责MBA/EMBA/工程硕士/EDP师资库建设与维护工作；3.负责MBA项目市场开发与维护、招生与录取工作；4.负责MBA/EMBA/工程硕士/EDP培养阶段的组织协调工作，以及教师酬金统计与上报工作；5.负责MBA网站建设与维护工作，以及相关宣传品的策划与制作工作。

其次，EMBA项目部：1.负责大连理工大学EMBA项目部工作总体发展规划与年度计划的草拟工作，以及年度收支预算工作；2.负责MBA/EMBA/工程硕士项目招生与录取总体协调工作；3.负责EMBA项目市场开发与维护、招生与录取工作；4.负责EMBA培养阶段的组织管理工作；5.负责EMBA网站建设与维护工作，以及相关宣传品的策划与制作工作；6.负责EMBA项目部各方面工作制度、工作流程的建立健全工作等。

其次，负责综合事务部：大连理工大学的工作总体发展规划与年度计划的草拟工作，以及年度支出预算工作；2.负责MBA，EMBA项目AACSB认证工作的前期准备、实施组织、认证评审、认证后维护等工作；3.负责专业学位教育项目教学改革研究工作，培养质量评价标准和实施办法的起草，以及培养过程监控工作等。