首先吉林大学EMBA教育中心虽然制订了相关的教学管理制度，但由于规定都较为笼统，可操作性较差，尤其是师资培养、课程建设等方面的规定基本空缺，如对于EMBA任课教师的要求也主要限制在学历和职称上，对于其他要求则没有具体规定，而对于体现在职EMBA教学特色的案例教学，没有具体规定也是教学环节中很大的缺失。

其次再加上吉林大学EMBA项目教育中心没有选课机制，经常会出现有了学生成绩，但在招生部、学生工作部找不到人的现象，严重扰乱了正常的教学秩序。同时各部门职责划分不科学，其次职责设置不合理，教学部除了负责教学运行管理外，还担负着课程建设、案例开发等职责，人员少，工作重，使各项工作不能得到全面发展和提高，也影响着吉林大学EMBA的全面发展。

再次传统的职能制结构容易造成本位主义，不利于信息交流与共享。例如，学生工作部负责学籍信息，但春季学生的学籍变动及跟读学生的情况又是通过招生部来传达的，再由学生工作部、招生部传递给教学工作部，所有消息的传递均采用纸质文档或口头传递的方法，经常会造成各方信息的不一致。

最后一方面，吉林大学EMBA的教学管理没有建立以客户满意度为主要目标的管理体系，没有建立以学生、单位需求为导向的教学管理机制，因此在课程设置、教学方式等关键问题上对市场反应迟钝，教学管理跟不市场的变化。另一方面吉林大学对EMBA教育中心对案例的运用没有具体规定，吉林大学大学EMBA教育中心并没有形成有规模的案例库。各项管理规定的不完善、不严谨限制了吉林大大学EMBA教学质量的提高。