是否亲自参与学位论文撰写、学位论文的创新点能否阐述清楚，是决定学位论文质量的一个重要指标，也是决定工程硕士质量的决定性环节。学位论文是培养工程硕士达到目标的最重要的环节。学位论文的实用性(能否解决企业科技开发与工程实际问题)、学位论文的经济效益与社会效益、学位论文选题的创新性、学位论文选题的独立性、是否亲自参与学位论文撰写以及学位论文的创新点能否阐释清楚等因素都会影响工程硕士的培养质量。学位论文最能体现个人的综合素质与综合能力。工程硕士研究生都是在职工作人员，对论文写作不缺乏工程实例，因此论文的实践性能够保证。但是部分学生所采用的工程实例并没有采用当前最新的科学技术与方法，对于科学技术在工程中的应用也就无从谈起，学位论文的质量就无法得到有效保证。结合调查结果，本研究认为应该从以下几个方面加强对学位论文写作的指导，切实提高工程硕士的培养质量。
抓好论文选题环节，确保学位论文的实用性。在学位论文的选题环节，论文选题应该依赖于企业发展的需要。工程硕士研究的是工程中的实际问题，在所学专业理论的指导下，凭借对实际问题的经验提出解决方案，具有可实现性和可见效性，追求的是效果和效益，而这些都与送培企业的发展需要密切相关。企业应该先将紧密结合本单位当前科研生产中遇到的技术难题汇总起来，由总工程师挑选研究后建立工程硕士研究课题库，再由工程硕士生本人在刚进入学校学习阶段就根据岗位实际情况和自己的特长兴趣挑选题目，经学校导师和企业导师联合审议后确定可行的学位论文题目。这样一来，学生在进行课程学习、文献查阅等培养环节中都会有很强的针对性，能有充足的时间积极地思考、研究和论证相关问题，主动消化吸收授课老师所传授的理论知识，为研究项目完成得更加顺利和完善，提高学位论文的研究水平打下了良好的基础。
抓好学位论文的撰写过程，确保学位论文的经济和社会效益。论文撰写过程特别需要学校和企业尤其是两位指导教师间的密切配合。工程硕士学位论文的指导工作是由学校导师和企业导师共同指导完成的，需要两位导师的密切配合。因为学校导师虽然有着指导工学硕士的丰富经验，但缺乏丰富的工程实践经验和对工程硕士生所在单位实际情况的了解，要指导工程硕士完成高质量的、能够结合实际的应用型学位论文还存在一定的难度;而工程硕士生单位的高级工程技术人员不仅有着丰富的实践经验，而且对本单位的实际情况十分了解，正好可以弥补校内导师的缺憾。二者有机结合，对指导工程硕士按培养要求完成学位论文将起到有力的保障作用。在学位论文的撰写阶段，学校导师应该重点把握好工程硕士学位论文的理论深度，规范学位论文的写作，着重从专业理论的高度提升论文的水平，使学生的论文符合工程硕士学位论文的规范要求;而企业导师则应该重点把握论文的应用性，利用自己丰富的工程实践经验，引导和帮助工程硕士学位论文能够与企业的工程、生产实际很好地结合起来，使学位论文能够产生较好的经济和社会效益。
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