由于工程硕士研究生教育体系是由众多紧密关联的主体组成的有层次结构的系统，这一特点使教育体系内部无论是纵向还是横向的联系都很紧密，某一局部的状态变化可能会产生很大的影响，甚至是对全局的影响。
例如，以往工程硕士研究生一般不是全日制学生，而是“进校不离岗”的在职人员，因此他们除了与学校的教师具有一般的师生关系外，又与所在单位具有工作关联，学习的同时还需要接受单位的领导并完成所承担的工作任务，具有双重的从属关系。这种双重性会产生工作与学习任务之间的冲突与矛盾，会造成工程硕士研究生在处理工作与学习矛盾时的困难，从而形成复杂的师生关系。
因此，工程硕士研究生教育体系由于自身要素关联的紧密性及关联关系的复杂性，形成了体系结构、功能的复杂性，进而又造成了对系统管理的复杂性。
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