改革现有工程类研究生教育体制的原因，主要是这种体制存在着种种弊端。这种状况在1985年中国开始招收工程硕士生以前尤为突出，到目前为止尚没有得到根本改变。
(一)培养目标不明确
工程类研究生既和其他类型的研究生有共同点，又有不同点。工程类研究生应该直接面对社会经济发展的主战场，是现代科技转化为现实生产力的“二传手”和中介。因此，在培养目标上应该把他们定位于面向各具体的生产单位和企业，培养成企业等生产单位需要的“应用型”人才。
但是，过去的培养目标却不甚明了，基本上是把工程类研究生作为比本科学生高一层次的理论学术型人才进行培养，即使那些与生产过程联系比较紧密的专业，对工硕生的培养也是偏理论、轻实际，甚至有时一些培养单位根本就没有把工程类研究生与其他一般研究生区分开来。最后造成的局面是：经济和社会急需大量复合型、应用型人才，而所培养的学生却只知理论不会运用，研究生的数量多了，但适合企业等一线生产单位的研究生却没有增加。
(二)课程设置不合理
由于培养目标不明确，因此在课程设置上没有体现出工程类研究生的特色。在很长一段时间里，他们的课程设置不是根据企业或生产过程的需要来安排，而是根据普通研究生的模式来操作。课程设置的不合理又加剧了工程类研究生所学专业和知识不能适应企业现实生产过程的情形。
研究生课程中存在的重学科体系、轻工程技术，重理论、轻实践的倾向是课程设置不合理的突出表现。现代科技发展的特点是学科交叉综合趋势比较突出，一项生产技术问题并不是某个单一技术就能解决的。但中国的工程类研究生课程设置大多是按原有学科体系来安排的，造成的结果是学生学的用不上，能够用的知识又学不到或学不透。
(三)招生分配不对路
以往工程类研究生的招生是按普通研究生招生方法和过程进行的，许多生源直接来自本科，这些学生虽然有一定的课本和理论知识，但对现实生产过程和企业面临的具体问题知之甚少。而且，现在学生的考研动机趋于多元化，有些人上研究生的目的仅仅是为了取得高学历，为其在大城市谋职打下基础，有些人考研是为了解决诸如两地分居等生活问题。结果，国家投入大量资金来培养研究生，而最后达不到给国家经济和生产带来效益的目的。而且一些毕业生重工程科学轻工程技术，难以被输送到工业企业。如1978年到1985年间，冶金系统高等学校虽已培养千余名研究生，但分配到厂矿企业者却很少，加之分配到企业者也不安心或不适应在企业工作，以致厂矿企业对研究生“要不着、留不住、用不上”，高层次应用型人才严重不足。全国冶金系统具有研究生学历的技术人员仅占企业专门技术人员总数的0.25%，据调查，相当多的工科重点高等院校每年毕业的研究生到企业去的只有2%～5%。
此外，目前的研究生招生、分配制度还存在一些问题，比如招生规模和计划不够灵活，按计划经济模式进行招生和分配，招生录取方式相对单一，对毕业研究生就业统得过多等。最后造成供求矛盾，某些类型的优秀生源得不到充分利用，不适应市场经济条件下人才劳务市场的发展。
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