工程硕士由于学习方式是在岗学习，与导师接触相对较少，另外，由于工程性论文有的涉及的领域较宽，因此，在工程硕士论文阶段，一些学校采用督导小组制度，学校根据各办学点学员专业和人数等情况，成立一个或几个指导小组，由5位左右具有丰富工程硕士培养经验的专家组成，在论文选题、中期检查、答辩等环节除了注重发挥导师的作用外，也充分发挥指导小组的监督检查作用，收到了良好的效果。例如，在开题报告会这一环节，通过学员的报告和专家的质疑，进一步论证选题的工程实践性、先进性、研究的深度和广度以及可行性，进一步明确课题的意义、目的、预期目标及需解决的技术关键性问题，使学员形成比较清晰、完整的研究工作思路，课题报告分为合格、基本合格和不合格，对于合格者，可以进行论文工作，对于基本合格者，按照小组提出的问题对开题报告进一步修订完善并由导师审核通过后开始论文工作，对于不合格者，要重新进行开题。
在中期检查中，指导小组到企业听取学员的汇报，重点检查课题内容是否与开题一致，课题工作的进度，已取得的阶段性进展以及下一步工作的安排等，中期检查结果同样分为合格、基本合格和不合格，对于合格者，按规定时间继续完成论文工作，对于基本合格者，按照小组提出的问题对论文工作进行调整和完善，对于不合格者，要从论文研究进展、内容、方法等几个方面根据专家提出的意见进行修改，重新进行中期检查，另外学校还规定开题后到中期检查至少半年以上，中期检查合格者，半年后才可以申请答辩。
指导小组成员相对较固定，可以全面地了解学员的个人学术水平和能力，及时准确地掌握论文整个研究过程和进展情况，客观、全面地评价论文工作和论文水平。由于指导小组严格的监督检查，几年来学校学员能够认真开展论文工作，主动与校企导师交流，积极做好检查前的准备工作，开题报告、中期检查、论文答辩的尽快地通过的概率比例不断提高，保证了学位论文的质量。
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