虽然我国专业硕士教育发展态势稳健，社会需求强劲，但其自身、特别是专业硕士教育的实施环节仍存在一些不可忽视的隐忧。一是社会认同度不高。一方面是仍有相当部分考生对专业硕士研究生教育类型不够理解、不够认同。有的考生是因报考学术型硕士落榜后而被调剂到专业硕士，有的考生是因感到自身竞争力不够，勉强报考了专业硕士。即使获得专业硕士学位的毕业生，在学术型硕士面前也自觉低人一等，聊以“山寨研究生”解嘲。另一方面是由于大规模的专业硕士教育，其含金量与认可度在社会上还有一个检验认定的过程，还有一个认识接受的过程。
二是培养模式不够成熟。有的高校对学术型与专业型硕士教学实行同一个课表、同一个导师、同一个培养计划；在师资方面，学术导师换个名称就成了专业硕士导师。不少专业硕导还是根据过去培养学术型研究生的经验和方式来培养专业学位研究生。有的高校在专业硕士培养过程中，只有学术指导教师，没有实践性指导教师，师资配置不到位成了高校难以建立有效培养模式的重要原因；还有的高校在专业硕士培养过程中，对实践应用性环节重视不够，实习时间安排较短，不能充分体现专业硕士教育的特点和优势。
三是个别高校办学目的不明确，办学态度不端正。他们没有把发展专业硕士教育当作培养高层次应用人才的教育教学活动，而是把扩招专业硕士作为学校创收的手段和途径。从而在教育教学过程中，采取敷衍塞责、得过且过的应付态度。
四是推广手段过于行政化。在专业硕士教育扩招和推广过程中，基本是按照上级指令和下达的硬性指标，以“一刀切”的方式，要求高校每年按照要求完成专业硕士招生计划，同时减少学术型研究生招生计划，完成专业硕士的扩招任务。这种行政指令方式虽然有利于专业硕士教育的迅速推广和发展，但对各地、特别是各校的条件、优势与特点等方面顾及不够，容易形成千校一面的同质化培养模式，不利于调动高校参与的积极性。
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