课程教学是工程硕士在职研究生教育的重要环节，也是工程硕士在职研究生更新知识，进行专业技能训练，提高学员科学使用现代化技术方法和现代技术手段解决工程实际问题能力的有效手段。工程硕士生都是在岗位上工作了多年的工程技术人员，他们有较为丰富的工程技术经验，解决工程问题的能力较强，对本领域的知识、技术等有一定的了解，但由于缺乏系统的学习，知识的系统性连贯性较差，综合运用多学科知识解决工程问题的能力受到一定影响，创造性地运用多学科的知识进行创造性的工作的能力受到一定的影响。因此，需要通过课程学习，将工程硕士生长期的工程实践中积累的离散知识点结合起来，使其知识系统、连贯。
合理的课程设置，有效的实施教学是搞好工程硕士课程教学的关键。在课程设置方面，在工程硕士在职研究生教学的课程设置上要注意以下几个方面:(1)课程体系体现①知识能力和素质并重。②宽广性和综合性，工程硕士在职研究生教育面向工矿单位，针对工矿企业技术创新和技术改造的需要，在课程设置上体现多学科渗透、交叉、融合和综合的特点，同时要体现能够提供一种强有力的指导，为学生以后解决工程问题打下良好的基础。③实用性和适用性，许多学员来学习往往是带着工程问题进校的，所学的课程只有能够给他们的工作有所帮助，能够解决他们生产和工程上的实际问题，他们才会有兴趣，才会调动他们的学习热情，所以在课程设置上要结合培养单位的意见，尽量做到学用结合，使学到的知识能快速的运用到实践中去。(2)在课程内容上要有针对性、实用性。工程硕士的课程学习要从实际出发，注重工程实用性，反对墨守成规，课程内容强化应用类知识，同时加大对前沿性知识的介绍和传授。
在教学上应根据实际需要采取合理的办学模式。工程硕士在职研究生都是在职学习，根据人数的多少可以采取校内集中脱产学习或异地办班的方式进行教学。在教学方式和教学手段上，要考虑到工程硕士在职研究生都是在工作岗位上工作了多年的技术人员，他们理解能力较强，将所学新知识应用于工程实际的能力也比较强，在课程教学中应结合他们的特点进行双向式教学、启发式教学和案例教学。
工程硕士生的集中教学时间较短，要在较短的时间内完成课程教学任务，并让学员尽可能多地消化所学知识，教师应充分利用多媒体等电化教学手段，特别在案例教学时，更应该使用现代化的教学手段以提高课程信息量。
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