工程硕士合作教育的课程设计围绕“重理论，强实践”的人才培养理念，突出课程的职业性与综合性，注重课程内容的重组与优化，注重理论教学和实践教学的一体化设计。合作教育模式带动了学校课程内容改革和课程结构的优化，根据合作单位和相关工程领域专家的意见，一方面，在专业课程设计中增加职业教育的模块，提高课程内容中职业指导的内涵，增强课程学术性和职业性的整合，以提高工程硕士求职、就业的能力;另一方面，拓宽工程硕士基础课程的知识面，将工程硕士在职研究生的总学分数提高至30学分，开设大量实用性强的选修课程，努力增强工程硕士的工程意识，加强实践应用能力培养，同时加大人文教育的内涵，提高工程硕士的综合素质。
鉴于工程硕士在职研究生学制短、实践性强的特点，在教学时间安排上，采用理论学习与工作实践交替的形式，让工程硕士将理论知识应用到具体的工程实践中去，并带着实践中遇到的问题继续加强理论学习，充分做到活学活用、学以致用;教学形式上，注重启发式、研究式教学，加强案例教学和实践教学，学校通过加强与合作单位的沟通与联系，吸引大批具有丰富实践经验的高级工程师或专家对工程硕士进行课程教学和实践指导，以生动详细的案例教学、专题讲座的形式，拓宽工程硕士的工程视野，增强工程硕士的工程素养，培养工程硕士的实践能力和创新能力。
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