南方医科大学是全国首批“部委省”共建的全国重点大学，全国首批开设八年制本硕博连读临床医学专业的8所高校之一，国家“特色重点学科项目”建设高校。
2023年面向全国拟招收硕士研究生2450人，其中南方医科大学在职研究生，主要是以非全日制在职研究生方式招生的，需要通过研究生入学考试录取，在基本修业年限或者学校规定的修业年限内，在从事其他职业或者社会实践的同时，采取多种方式和灵活时间安排进行非脱产学习。
以培养高级应用型人才为目标，侧重于从事实践工作能力的培养，学生毕业时授予专业学位。2023年临床医学、口腔医学、中医硕士专业学位的研究生教育全部实行与住院医师规范化培训相结合的培养模式（5+3模式）。
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