吉林农业大学开设非全日制研究生的学院，主要有马克思主义学院、外国语学院、人文学院、信息技术学院、园艺学院、动物科学技术学院、经济管理学院、植物保护学院。
2023年吉林农业大学非全日制研究生学费标准当中，党的建设硕士、学科教学（英语）硕士、教育管理硕、农业工程与信息技术硕士、农艺与种业硕士、农业工程与信息技术硕士、畜牧硕士、渔业发展硕士、资源利用与植物保护硕士学费都为1.4万元。工商管理硕士（MBA）学费3.6万元。
吉林农业大学开展的非全日制研究生，是考试入学，先考后学。在每年10月份，中国研究生招生信息网会开通研究生报名通道，届时考生可登录进行报名。
