目前，我国的博士整体水平与世界一流大学相比确实还有差距，这主要表现在创新性指标上。我国博士生的创新大多数属于次级创新，或者微创新，也就是已经有一个创新在先了，我们在他人创新的基础上做了个小发展、小进步。不过，在培养制度上还是存在着一些主要问题。如下：
第一，我国近年来博士生培养规模的急剧扩张(大幅超过教育经费增长的速度和国民经济发展的增速)，已导致博士生教育的师资“捉襟见肘”，平均研究经费亦有下降之虞，这将对博士生培养质量构成重大的现实威胁。
第二，很多学位授予单位的博士学位课程仅设几门，并且外语和政治理论课占有相当大的比重，而有的学校博士生的业务课是“与硕士生混编在一起上课”。从课程设置上，不能完全保证博士学位获得者具有“坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识”。
第三，我国博士生的科研工作，很多是在追赶当前世界流行的高精尖课题。由于科研时间和条件的限制，博士论文的研究仅能就别人所提出的方向做一点补充的工作，创新也往往局限在小聪明、微创新的范围。
第四，优秀生源不足，缺乏淘汰机制、评审制度不严格而导致评价失真，同时，博士生受社会需求的指引导致“博士不博”，扼杀了博士生的想象力与创造性。
针对以上问题，有关行政部门和高校不妨从严格控制博士生招生规模与增幅、适度延长博士生教育年限和适度加大淘汰力度等方面来强化博士生教育的规模约束和质量保障，自觉地克服各种功利动机的驱使，严格遵循博士生教育的内在规律，严守博士生教育“质量第一、宁缺毋滥”的发展原则，以切实保证我国博士生教育的质量和水准。具体措施主要有以下几个方面：
第一，为保证我国博士生教育质量同国际水准的“对接”，可以考虑在制定博士生培养质量标准的过程中，吸纳国外专家参与。在博士生毕业论文盲审、抽检以及博士点的质量评估等方面，亦可尝试吸纳国外专家参与评审。对经评估后认为质量不达标的学科和单位，应本着从严的原则予以撤销。
第二，考虑到博士生教育师资的重要性和师资建设的周期性与复杂性，为有效提高我国博士生教育的质量，应大力倡导国内大学加强同国外高水平大学之间的合作，通过师资共享、科研合作、联合培养等多种形式拓展合作领域，加大合作力度，提高合作水平，大胆尝试“自力更生为主、争取外援为辅”的博士生教育新思路，千方百计提高我国博士生教育的质量与水平。
第三，鉴于我国现有的博士生教育规模已相当可观，应该将我国博士生教育的发展立即转人“严格控制规模、努力提高质量”的内涵式发展阶段。可以考虑在今后一段时间内，适度延长博士学位授权的审批间隔期，提高相关的“准入门槛”，从严审批，确保博士生教育规模的相对稳定。
综上所述，我国博士培养工作的重心应该转移到博士期间的训练上来，如发现问题、解决问题、逻辑思维、理论与实践的结合等方面的能力培养上。我们应该从科教兴国和人才强国的战略高度出发，提高全社会对博士研究生教育的战略地位的认识，将博士生教育纳入国家及地区经济、科技、教育和文化等中长期发展规划；同时，改革现行科研经费管理办法，充分发挥研究课题对博士生培养的资助的功能，大幅提高博士生基本生活补助；此外，还应建立科学的培养体制，如实施弹性学制制度、招生方式由笔试成绩为主向综合考察为主转变、强化学术训练、完善淘汰机制、调整专业设置、促进跨学科博士生培养等方面。提高博士生培养质量是一项复杂的系统工程，是21世纪研究生教育的历史重任，涉及到学校建设的方方面面，我们应在培养博士生的实践中不断总结和积累经验，探索新途径和新方法，确保博士生培养质量的全面提高。
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