我国在职博士入学与其他学历考试类似，存在着“严进宽出”的招生培养模式，这与我国教育体系中在职博士教育规模发展的“急功近利”心态息息相关，更体现了培养机制上的缺陷。
(1)招生机制方面
薛涌曾指出，2006年度全美45596名研究型在职博士学历背景的分析显示，出产美国在职博士最多的两所高校分别是清华大学(571人)和北京大学(507人)，加州大学伯克利分校排第三(407人)，这样的数字直接体现了名校硕士成为世界顶尖在职博士的概率‘。。同时也表明，中国已成为最肥沃的美国在职博士培养基地，另外根据统计每10个美国硕士才会有1个被选拔为在职博士，而在中国这一比例降低到了4.21，并且硕士考博行为多存在着“二三本院校—一般211,985工程—北大清华中科大”状的递推层级，即低层级高校硕士被高一级院校录取为博士，可以说我国的在职博士培养已经成为“基础教育一本科一硕士”等教育阶段不足引发不良后果最后的累积归纳场所，使在职博士这个教育链条的终端承受着巨大压力。
(2)在职博士学位授予权机制方面
美国教育资源和科技创新的领先程度是世人共睹的，但在职博士授予权高校仅为253所，而中国则高达310所，并且其中充斥着较多科研实力不强、知名度不高的院校，这不能不说是“学术大跃进”的后果。且近年来各校都努力新增在职博士点数量，以使自己在获取国家资助上分得一杯羹，据统计，教育部及其他部属81所高校，2011年新增的博士点数量超过1019个，其中增加最多的大学新增在职博士点数量达60个。通过扩大在职博士点壮大院校知名度和科研实力的初衷是好的，但教育资源存在的“稀缺性”和科技创新中“资源集中性”注定要求其他目的都要为“质量和效率”让路，本质上说在职博士质量效率取决于国家教育资源分配和导向机制的优劣。
(3)在职博士培养过程的学制和淘汰机制
陈金圣对美国大学的有关资料整理后得到:美国在职博士从注册到毕业的时间在6-9年之间，并且物理、生命科学等理工科培养时间要低于人文和教育类学科，但在我国则截然相反，人文社科在职博士最长为7年，而自然科学类为9年，并且绝大部分在职博士生培养时间仅有短短的3-4年“。在完成1年的连续学分后主要的任务就是论文发表与在职博士论文的撰写，很难想象在如此短的时间里在职博士质量能够得到一个很大的提高。值得一提的是“以SCI论文发表为导向”的评价机制是目前在职博士培养的重大不足，尽管近年来我国学者在科学引文索引上的数量每年以19%增长，但这些成果基本对科学发展没有贡献意义，属于追踪修补型，独创型比例很低。最能反映博士质量低下的现象科研成果和世界奖项获得数量，我国在职博士生号称数量全球第一，但数十年来却未获一个诺贝尔奖，而与中国一衣带水的口本自2002年以来已有10人在医学生理学、物理学、化学三个项目上夺魁。
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