思想政治教育是启迪人的思想、塑造人的灵魂的工作，是一项十分艰巨和复杂的系统工程。把博士生思想政治教育看作一个系统工程，通过仔细分析系统所处环境、系统的组成要素以及系统组成要素之间关系的特点，这里认为，当前我国博士生思想政治教育所存在的问题及特点主要有以下四点。
(一)博士生思想政治教育面临教育环境发展变化带来的巨大挑战
首先，随着市场经济体制的逐步建立，人们的思想观念发生了巨变。市场经济意识的觉醒在促使人们抛弃传统计划经济体制下陈旧观念的同时，也给传统价值观带来了前所未有的冲击。如以往强调奉献的精神就日益受到市场交易规则的挑战。其次，随着全球经济一体化进程的加快，跨国公司不断进入，各国文化之间的交流和互动，促使人们的思想政治观念呈现多元化发展态势。
思想政治教育在职研究生老师分析科学技术的突飞猛进，尤其是信息网络技术的发展，促使人们的生活模式、工作与交流方式发生了巨变。因特网的发展，使得全球各地的信息在极短的时间内渗透到世界的每一个角落，现代社会发展的信息化、知识化趋势已十分明显。科技发展一方面给人们提供了丰富的新知识来源，另一方面也促使了思想政治领域的深刻、复杂和不确定的变化。博士研究生作为高层次人才，他们思想活跃，处于科技革命的前沿阵地，渴求获取新知识和新信息。在这样的背景下，博士生思想政治教育就必然面临文化多元化、价值多元化、利益多元化的挑战，如何确保博士生理想信念、政治观念的纯洁性和同国家主流思想保持一致就面临着巨大挑战。
(二)博士生思想政治教育主体与教育对象在教育目标、内容和方式上存在显著差距
在目标上，教育主体以提高博士生的思想政治水平和理论素养、培养博士生的共产主义理想信念和道德修养作为主要目标，教育主体强调思想共性发展；相反，受教育对象即博士生则以发展个人思想体系为目标，强调思想个性化发展。在内容上，教育主体以马克思主义理论、毛泽东思想和邓小平理论以及“三个代表”重要思想为基本内容，这是博士生思想政治教育的核心内容。由于博士生处于科技、经济和社会发展的前沿，他们能够接触到最新的资讯与信息，并能对社会的变动做出最迅捷的反映。因此，他们在接受思想政治教育的过程中，不仅渴求学习既有的理论成果，而且能够不断地创新理论成果，教育主体现有的思想政治教育内容已不能满足博士生的现实需求。在教育方式上，教育主体以讲述为主，教育形式、手段比较单一，政治教育方法停留在灌输层面，而教育对象渴求丰富多样、生动活泼的教育方式，如何改进现有教学方式方法以满足博士生的要求，是一个迫切需要解决的问题。
(三)博士生思想政治教育受博士生自身特点的深刻影响
博士生的学习和研究具有自身独特的内在规律性，因此其思想政治教育必须结合博士生的特点才能取得预期成效。在人生目标上，博士生追求高成就感。因此，博士生的思想政治教育必须高屋建瓴，才能赢得博士生的欢迎。在思想认识上，博士生追求思想独立性。由于绝大多数博士生阅历丰富，心智成熟，知识全面，对自身的知识和能力表现出极强的自信，在接受新知识、新事物时，往往带有独立批判和审视精神，因此，对他们的思想政治教育工作必然更加难做。在学习和研究上，博士生追求自主性和创新性，他们主观上不愿意接受别人“说教式”的思想灌输，在学习中乐于集众家之长，抵触陈旧的教学内容和方式。这就要求对博士生的思想政治教育必须更新手法，革新内容，才能取得实效。
(四)博士生思想政治教育中“教”与“学”的关系具有特殊性
博士生在思想上追求独立，在接受政治教育的过程中，他们乐于同教育主体保持平等的地位，他们倾向于同教育主体在交流互动中学习。而且，在博士生思想政治教育中，“教”“学”关系的建立渠道多样，师生之间可以进行多层次、多样化的对话与交流，这就使得课堂不再只是进行思想政治教育的单一场所。这就给创新博士生思想政治教育的方法和手段提供了广阔的空间。具体来说，博士生思想政治教育可以结合博士生的专业学习、论文选题、科研项目、社会调研等进行，采取课堂讲述、分组讨论、集中研讨、个别交流，以及充分利用现代信息网络技术，开展网上交流和讨论等多种形式进行。
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