学位论文是综合评判、衡量学位申请者研究水平的最主要、也是最重要的依据。因此学位论文学术水平反映了研究者的研究水平，学位论文质量集中体现了在职博士研究生培养的质量。在实际培养工作中，许多大学按照自身学科的特点，进一步补充和完善了在职博士研究生学位论文制度。例如中国科学技术大学规定:“在职博士研究生论文的选题应注重学术价值或在技术、工程中的应用价值，论文选题应有充实的科研工作量和创新性”;“进入在职博士研究生论文阶段的半年内要提出开题报告。每月至少向导师或指导小组汇报一次论文研究的进展情况”;“做论文期间，应在国内外重要期刊上正式发表或至少己被接受与科研题目有关的阶段性学术论文，论文数量不少于两篇”;“论文申请答辩前，应进行预答辩以听取专家意见，对论文作必要的修改。申请答辩时，必须有导师对论文的书面评价”。类似的规定，还有西安交通大学促进科技创新的8项措施，其中富有新意的措施有:实行“讲座与学术研讨制”、“转换导师制”、“风险选题制”和“在职博士研究生学位论文基金和拔尖人才基金制”，其目标所指，无一不是在职博士研究生论文。在部分大学的一些院系培养单位，还按照自己的学科特点，进一步制订关于在职博士研究生论文制度的“补充”的“补充规定”。但是，现行的论文评审及答辩方式却存在着诸多问题，比如具有原创性、前沿性和创新性的论文较少，但论文评价结论却偏高，论文很容易通过评审及答辩，经常出现“零淘汰”。又如对参与学位论文评审及答辩的专家没有一套严格、完整的遴选机制。评审和答辩专家一般由导师或学科点推荐，通常都是导师的熟人或同行，甚至是导师请来的熟人或朋友，从而在论文评审和答辩时看导师的面子，不能客观地从学术角度对论文作出公正、合理的评价，评审意见“一团和气”，评审结果与论文实际水准不符，答辩在某种程度上流于形式。这些现象严重地影响了学位论文评审的严肃性和评价结果的公正性，导致了在职博士研究生学位论文质量的下降，助长了一些在职博士研究生对论文研究和写作的敷衍了事作风，也淡化了在职博士研究生导师的责任感和质量意识，影响了学术风气，损害了在职博士研究生教育的社会声誉。为了保证毕业论文的质量，大多高校在答辩前对在职博士研究生提交的论文实行匿名评审制，即将论文作者及导师的信息对评审专家保密。但直接隐去作者与导师姓名的常规处理方式，并不能做到真实的盲评，因为论文的其他细节部分(如致谢还有可按照能存在作者与导师的相关信息。、参考文献和在学期间取得的学术科研成果等)因此，在在职博士研究生提交学位论文时，管理部“双盲”处理的规定对待评论文进行严格审查，审查合格后，才能送审。

国务委员、前教育部长陈至立曾经指出:“……科研经费短缺，实验条件较差;对学位论文的评阅、评价普遍偏高，有的答辩没有起到应有的作用;研究生教育质量保证和激励机制尚不完备。可见在学位论文答辩这一质量监控的关键环节，淘汰机制并未得到有效实施。根据19%年全国33所研究生院进行的在职博士研究生论文抽查结果，认为在职博士研究生学位论文“评价偏高”或“评价过高”的，在导师中分别占57.01%和3.4%;在管理人员中分别占50.58%和11.85%。这说明，对论文评阅评价偏离实际的现象较为严重。而论文评价偏高，对把好论文质量关，养成研究生科学严谨的学风是极为不利的。论文评价过高源于我国在职博士研究生论文评审人选的地区性、行业性、相关性很明显，选择范围偏小，由此，论文答辩委员会基本上都是聘请与导师熟悉或“关系”不错的同行来担任，这就将人情因素不可避免地带进了答辩现场，其中的部分结果使答辩委员会的在职博士研究生论文“质检”把关职责大打折扣，在职博士研究生论文答辩很少有不通过的。答辩前和答辩后论文公开化程度不高，外界监督不够，缺乏像美国的“在线在职博士研究生论文摘要”那样的大型网络资源平台，实现论文资料交互、监督和质询，这在客观上给学术不正者以可乘之机。实际上我国的在职博士研究生论文整体质量还难以和国际先进水平比较，而且绝大多数在职博士研究生培养学校还没有产生过高水平的在职博士研究生论文。我国目前己有在职博士研究生学位授予单位349个，其中获得过1篇以上全国优秀在职博士研究生学位论文的单位仅有124个。也就是说，有约2/3的在职博士研究生培养单位没有获得过优秀在职博士研究生学位论文，且60%(376篇)优秀论文集中在16所高校。也就是说，在有在职博士研究生学位授予权的292所高校中，5.5%的高校产生了60%的全国优秀在职博士研究生学位论文。而在美国1995年，在职博士研究生学位论文完成率理工科为60%-70%，社会科学为50%-60%，人文科学仅为40%-50%。我国在论文评阅、答辩阶段，虽然要“评”和“阅”、“答”和“辩”，但由于种种原因，几乎都能够通过，评阅、答辩，实际上己成了形式。近年来，虽然有“匿名评审制”、“一票否决制”、“论文等级制”、“末位淘汰制”等制约措施，但此时“产品”己成或基本定型，也就几乎没有一个在职博士研究生能被淘汰。