学位论文工作是在职研究生科学研究实践的主要表现形式，是在职研究生创新能力培养的重要环节。因此，学位论文是在职研究生知识水平、科学素养和创新能力的综合体现，是反映在职研究生创新能力的重要标志。据前面的调查结果显示，重庆市高校在职研究生对学术创新能力现状的评价排在最后一位，均值仅为2.14，处于较低水平。特别是对“学术论文的质量”、“发表刊物的级别”、“学术论文被引用的频率”、“获得专利、科研基金的数量”、“科研成果的社会价值”的现状评价都非常低，均值均在2分以下。可见，目前在职研究生的学术创新能力是非常低的。在职研究生创新能力的强弱主要通过学位论文反映出来。国外在职研究生教育也形成了这样的共识，即学位论文在在职研究生创新能力培养中的作用，是任何方法所不能替代的②。学位论文的完成过程既是在职研究生创新能力的培养过程，又是在职研究生创新能力的淋漓发挥和集中体现。因此提高创新能力就必须加强对在职研究生学位论文的管理。
首先，严格控制论文的选题和开题。具体说来，在选题阶段，要提倡在职研究生自主选题、提倡在学科交叉点上选题、提倡风险选题。在开题阶段，应实行在职研究生学位论文开题报告制度，对论文选题通过开题报告进行创新论证，能有效确保学位论文的创新性及可行性。要检查文献综述，考察在职研究生是否把握了国内外的研究成果，是否有自己创新的设想。最后，审查论文的技术方法是否合理、研究方案是否完备及研究条件能否满足。
第二，加强论文过程管理。可以建立一个评价体系，包括文献查阅情况、写作情况等方面，对论文写作过程进行综合评价。在学位论文撰写阶段，应实行中期考核，以中期研究报告的形式对在职研究生学位论文的写作进行跟踪检查。由导师或导师组召集，以书面或口头的形式对在职研究生进行现场指导，对己取得的阶段性研究成果、创新的质与量、研究的具体进程、研究的技术路线、存在的问题等等给出相关的指导意见，在职研究生根据意见对论文进行修改和完善。
第三，严格学位论文评审制度。可以尝试实行初审、终审和盲审制度。在初审阶段，在职研究生提交论文，由校内专家评审。评审目的是建议增加什么内容、修改什么内容。在终审阶段，在职研究生除了提交修改后的论文外，还应该附上初审专家的意见。终审除了对论文主要工作给予评价、提出质疑外，也要审查论文是否按初审意见进行修改和完善，然后表示是否同意答辩。实行盲审制度，需要建立相应的学科专家库，并制订专门的盲审实施细则。
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