通过前文案例分析发现，目前我国在职研究生教育主要是采取导师负责制的"学徒式"的指导方式，秉承"师傅领进门，修行在个人"的方式。研究生的研究领域很大程度上受制于"师傅领进门"的传统，绝大部分的研究生是以导师的要求或则将导师的要求和自己的兴趣相结合作为自己科研的出发点和今后的研究方向。从这个角度来看，导师自身的知识结构和指导水平直接影响所指导的在职研究生今后科研的发展方向和取得成果的水平。近年来随着研究生招生规模激增，而导师的数量和水平却未得到相应的补充和提高，有些高校使不具备培养能力的导师勉强上岗，导致导师队伍数量和质量的双重不足。而进行跨学科教育和研究对于导师有着更高的要求。
目前我国高校的师资特别是导师队伍决大部分是在学科划分细致的模仿前苏联的培养有专门知识和技能的人才的教育体制下培养起来的。由于每一个学科都有一种知识传统，一个人长期从事某一学科的研究，其思维方式、研究手段、概念体系被特定化后，具有一定的排他吐。这种情况导致现有的导师队伍中相当部分的导师无法给予研究生进行跨学科研究的有力指导。在职研究生跨学科教育要求教学研究过程必须打破封闭体系，实行开放性的学术思想交流。
由于在职研究生跨学科教育和研究不受学科边界和传统专业的限制，不受某一理论和方法的约束，多强调的是学科合作、交流、互补，使参与者知识得到更新，知识结构得到改善，研究能力得到提高，创新性得到加强。因此必须加强师资队伍的建设，改进跨学科研究生指导方式。一方面不断提高现有导师队伍的质量和数量，另一方面采取导师组等指导方式弥补单导师指导模式在培养跨学科研究生方面所固有的缺陷。
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