在价值自由与工具价值相结合的价值取向下，在职研究生教育的发展出现了制度与现实的脱节，甚至成为在职研究生教育发展过程中的桎梏，具体表现在制度规范、社会认可度以及管理的规范性等问题上。

(一)在职研究生教育制度规范不到位

《中华人民共和国培养有专门知识和技能的人才的教育法》(以下简称《培养有专门知识和技能的人才的教育法》)第二章第十五条规定：“培养有专门知识和技能的人才的教育包括获得学习经历文凭的教育和非获得学习经历文凭的教育。培养有专门知识和技能的人才的教育采用全日制和非全日制教育形式。国家支持采用广播、电视、函授及其他使用电视及互联网学习的教育方式实施培养有专门知识和技能的人才的教育”，实质上这是从法律层面上赋予了在职研究生教育的社会地位，认可了在职研究生教育制度，规定了在职研究生的学业标准、学业年限、办学机构、证书类型，规定看似比较完整，但是深入分析，这些规定中有些还是不够明确的，如对于学业标准规定：“硕士研究生教育应当使学生掌握本学科坚实的基础理论、系统的专业知识，掌握相应的技能、方法和相关知识，具有从事本专业实际工作和科学研究工作的能力。博士研究生教育应当使学生掌握本学科坚实宽广的基础理论、系统深入的专业知识、相应的技能和方法，具有独立从事本学科创造性科学研究工作和实际工作的能力。”这没有结合在职研究生教育中在职人员的特殊性专门规定具有针对性的学业标准。关于在职研究生教育的办学机构，第十八条规定：“其他培养有专门知识和技能的人才的教育机构实施非学历培养有专门知识和技能的人才的教育。”这是个兜底条款，将在职研究生教育的办学机构辐射到民办培养有专门知识和技能的人才的教育机构，这在一定程度上是有利于在职研究生教育的市场化，但却极易让教育的内在价值流于形式。事实上，这样的规定没有明确承办非获得学习经历文凭的教育的教育机构所应该具备的条件，甚至可以解读为，只要是一个合法正规的教育机构，都具备办非获得学习经历文凭的教育的资格，忽视了研究生教育在培养有专门知识和技能的人才的教育中的作用和地位，换句话说是将实施研究生教育的机构标准放置最低，这往往导致有些教育机构不具备研究生教育的办学实力，为了分得教育市场的一块蛋糕而强行进入，导致在无法达到一定招生规模的情况下，往往出现半途而废的现象，严重打击了已报考考生学习的积极性。对入学资格也没有相关明确的规定，实践中在职研究生一般是需要毕业工作达到一定的年限才具备报考资格，而且，有些是单位为了进一步提高中层干部的业务能力推荐职员到高校去进行深造。

(二)在职研究生教育的社会认可度低

同属于培养有专门知识和技能的人才的教育范畴，由于不同的学习方式，其与全日制的研究生就表现出不同的社会认可度。排除单位与高校合作的在职人员培养方案，实践中就存在在职人员攻读硕士学位所获得的学位证书与全日制研究生的学位证书存在着天壤之别，即使在职人员利用空余时间到高校去研修在职研究生的课程，所获得的学位证书未必会得到本人所在地的人事单位的认可。比如中共福建省委办公厅、省人民政府办公厅转发省委组织部、省人事厅、省教育厅、省学位委员会在2003年联合下发的《关于进一步加强和规范干部学历、学位管理的若干规定》通知，规定：“具有获得学习经历文凭的教育资格的各类教育机构(包括经国务院学位委员会批准的中外合作办学机构)，在闽举办针对干部在职学习的高等获得学习经历文凭的教育，必须报经省教育厅批准或经省教育厅审核后报国务院学位委员会、教育部批准。报省委组织部、省人事厅备案。”这规定说明在闽办干部在职培养有专门知识和技能的人才的教育学习的程序，同时也赋予了这类学位证书的社会认可度，但是省内学生到省外参加干部在职高等获得学习经历文凭的教育的情况并没有言明，导致有些学生到省外高校学习所获的证书的效力，极易遭到省内地方人事部门的质疑。

相比学术取向，在职研究生教育的市场取向更加具有影响力，在追求真理、创造知识的同时是要求在职研究生教育在促进个人发展或者社会进步方面起一定作用。正如单位在招募、甄选、晋升、选拔管理人员时，更加重视人力资源的适用性知识和综合性能力，这种社会需求促使在职人员参加培养有专门知识和技能的人才的教育培训会弱化研究生教育本应具备的学术研究，而倾向于研究解决工作中的实际问题。有学者就曾说道：“在职研究生在日常经营管理活动中，很少刻意用某理论和学术观点来强化自己的意识并指导解决某个管理问题，而往往是以那些适应性较强的综合性知识潜移默化地作用于其逻辑思维和形象思维之间。在职研究生对学术理论的忽视在很大程度让人们质疑这种深造的意义所在。此外有些在职研究生在日常学习中不仅仅是为了提高自身的专业能力和应用能力，很大程度只是为了混个文凭，从而让自己简历更加光鲜，还有些人想通过这种学习环境来结交新的朋友，改变自己的人际关系圈。在职人员深造目的的功利性也大大提高了人们对学历的怀疑。

(三)在职研究生教育管理不合理

虽然相关法律规范规定不明确导致其遭受质疑，但是学习过程的管理不合理，影响在职研究生教育培养目标的实现，也是学位证书遭受怀疑的一个重要原因。在教育管理过程中忽视在职人员个人的全面发展，忽视他们的个性教育，致使教育管理出现诸多不合理、不科学之处。例如对某些在职人员进行松散管理，在职研究生教育的培养对象主要是社会在职人员，主要集中在机关企事业单位的中层骨干人员这一群体中。他们大部分都是各行各业的优秀人才，他们往往具有一定的社会地位，一些培养单位碍于面子会对这些学生提供特殊的照顾，时常迁就，放松对他们的管理。这不仅违背了价值自由的价值取向，同时也违背了正义这一基本的人类价值规范。还有对授课形式搞“一刀切”，要求同一期课程班全体学习人员都要遵循统一的课程学习管理制度，使得在职人员被动地去适应学校管理的需要，致使有些学生在学习过程中因为工作脱不开身而不能按时出勤的情况比较多，使他们无法保证系统的学习研究生的课程，很难完整地完成学习任务，结果反而严重影响在职研究生培养目标的实现。