高效的教育管理制度，优秀的研究生导师队伍，产学研协同创新的基地建设等是硕士研究生创新能力得以提升的重要保障。
1．加快制度创新，建立高效的激励机制
美国著名经济学家诺思认为，“制度是一种社会博弈规则，是人们所创造的用以限制人们相互交往的行为框架”。制度提供激励机制，科学的制度能持续激发出人的动力，非科学的制度将会造成社会资源的巨大浪费。创新人才的培养关键是需要能够培养创新人才的制度供给，必须进行制度创新与改造，建立高效的激励机制，使学校和教师切身利益与学生创新能力发展的实绩直接关联。首先，创新办学绩效评价制度，解放校长。改变目前政府通过行政手段直接管理大学的，努力推进政校分开，管办分离，减少不必要的行政干预。把校长从各种资源争夺以及评价与排名中的恐惧中解放出来，让校长聚精会神地思考教育及教育改革J。其次，创新教师评价与收入分配制度，解放教师。教师的工作具有内隐性与长效性的特点，对教师的评价要注意不同评估要素间的平衡，将教学和科研的评价统一起来，摒弃“重科研、轻教学”的评价制度，让教师将主要精力倾注在人才培养与真正的学术研究上。最后，创新学生评价制度，解放学生。把学生从“分数至上”、死记硬背、苦闷学习的牢笼中解放出来，尊重他们的个性，激发他们的创造力、想象力，为他们创新能力的提高提供良性的土壤。
2．创新型教师队伍的建设
胡锦涛同志指出“教师富有创新精神，才能培养出创新人才” 。法国著名教育社会学家涂尔干也强调：“教育的成功取决于教师，教育的不成功也取决于教师。”没有创新型的教师，就难以培养出创新型的学生。因此，应按照“师德为先、教学为要、科研为基”的要求建设一支师德高尚、业务精湛、结构合理、充满活力的研究生导师队伍。首先，加强导师的师德建设，提升教师的人格魅力。大量的事实证明，教师的人格魅力对学生的影响最大，甚至惠及学生的终生。因此，加强导师的师德建设，应发挥教师的人格魅力的示范作用、激励作用与熏陶作用，为硕士研究生提供一个良性的氛围。其次，提高导师的专业学术水平，优化教师的传道艺术。在专业水准方面，创新型的指导教师不仅要知识渊博，要经过实践的锤炼，而且要掌握“传道、授业、解惑”的艺术。最后，提升导师的科研能力。科研与教育互为依托，互为动力，导师科研能力越强，越有可能将自己的创新体验传授给学生，才有可能提升学生的科研创新能力。
3．产学研协同创新
《中国学位与研究生教育发展规划战略研究总报告》(2005—2020年)指出：“要丰富研究生教育的人才培养类型，促进院所协同式培养模式的发展，促进政产学研合作，为国家经济建设提供强有力的人才支撑。”完善产学研协同创新机制可以构建理论与实践、传统与创新之间的“桥梁”，打破传统人才培养模式的惯性制约，为创新人才培养提供重要保障。而政产学研合作能否取得成效，取决于各合作主体的利益诉求能否满足，只有各利益主体都能在合作中受益，这种合作才可能可持续发展。目前，我国产学研联合培养硕士研究生主要有五种模式：一是设立联合培养研究生和科学研究基地；二是以重大合作项目为依托联合培养研究生；三是硕士研究生到基层挂职锻炼；四是外聘兼职硕士研究生导师；五是依托科技园、学科性公司培养硕士研究生。根据权变理论，各高校在培养硕士生创新能力过程中，应根据政府、企业、高等学校、科研院所等各个协同主体的具体情况随机应变，在上述模式中选出最有利的某一模式或几种模式的组合。教育是一种普惠性的公共产品，针对政产学研协同创新中学校和科研机构资金不足、企业积极性不够等问题，政府应当提供公共财政支持，应通过相应的财政税收政策进行积极引导。
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