在职研究生教育过程一般以四种方式进行:(1）课堂讲授(Lecture)。(2)研讨班(Seminar)。(3)在职研究生的独立阅读学习。(4)在教师指导下参与研究项目，即在真实的研究过程中学习与体会研究，“干中学”，同时创造新知识或解决问题。[6〕这四种方式具有不同成本特点，其中课堂讲授与研讨班两种方式学校需要付出教育成本;研究生独立阅读学习，学校只提供条件并付出条件损耗费用，学校针对这一方式应收的费用只是设施损耗费，是杂费的一种而非学费;学生在教师指导下参与研究，教师有所指导，但作为共同研究者，教师指导与共同研讨很难区分，如何处理其中科研成本和教育成本的关系呢?
在职研究生参与科学研究学校不支出教育成本，其所支出是科研成本。科研成本是否有一部分应被转移计人教育成本呢?在计算本科生生均教育成本时，对科研成本是否计人有两种观点。阎达五、王耕认为，科研成本不应计人本科教育成本;陈晓宇、袁连生认为科研支出使学校的本科教学活动受益，科研支出的一部分应计人本科教育成本，但具体执行方案较难确定。学术性在职研究生教育中科研是必须的，科研成本有多少应转移计人教育成本科目是在职研究生生均教育成本的关键性问题之一。值得注意的是，研究生所参与的科研应当是真实的科研，应当有服务方，有单独的资助与审核系统，例如项目来源于国家、企业或基金会。当一项科研项目完成之后单独的会计科目也就审结，科研的单一成本消耗不应被重复计入科研成本和教育成本之中。如果将部分科研经费重复计人教育成本，并因而向学生收取学费，实际上就是向学生收取科研经费，就会形成学校向项目来源方和学生两次收取科研经费的状况，这是不合理的。因此，科研成本不应被计人在职研究生教育成本，也不应计人本科生教育成本。科研成本是高等学校中与教育成本一样独立并列的一类成本。
在职研究生从科学研究中收益，是一项典型的“干中学”过程。这一问题在成本计量中如何理解呢?任何工人在参与生产活动中，都学会了如何操作机器，工人在工作中学会操作机器，是工作的一项副产品，或者一项外部收益，工厂不能因为工人在工作中学会操作机器而向工人收取学费;与此相反，为提高工作效率，工厂往往将工人培训列人生产成本中的人力成本科目，因工人技能提高会明显提高生产率。现代学徒制中学徒领取工资但不交学费，而由雇主和政府支付培训成本。因此，在职研究生从科研中受益是科研的外部收益，科研资助方也应将在职研究生培训成本列入科研成本中的人力成本科目。这就是以上问题的合理解释。目前，横向科研经费中含有人力成本，比较充足，纵向经费中则较少。
学生参与有项目资助方的科研不必交纳学费，但如果科研项目由学生个人提出，没有项目资助来源，而个人获得博士学位必须参与科学研究，那么学生应当向学校交纳由科研经费产生的学费吗?项目由个人提出，科研经费应当由学生个人支付，不必向学校交纳。因为学生向学校交纳了包含科研经费的学费，再由学校给予学生科研经费补助，会增加两道不必要的行政环节从而增加管理成本。这种情况很少，但在人文社会科学研究中确实存在。
以上在职研究生教育的四种教育方式中，只有课堂讲授和研讨班两种形式学校有直接教育成本付出，而这两种方式都是课程。学分制教育管理体系中以学分对学习量进行度量，因此自然形成学费与学分的对应关系。于是在职研究生学费可以两种方式对外公布，即学年学费和学分学费，其中全日制学生按学年交费，非全日制学生按所选课程学分交费。学生课程修毕而进人没有课程的研究阶段(博士后期)，因没有教育成本发生自然不必交学费，这是在在职研究生学制改革之后博士生不应当收学费的主要理由。
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