首先要设置工程硕士的评估指标，工程硕士的培训定性评价指标主要包括工程硕士及院校，影响工程硕士本人指标的等级的因素有:学习的成绩是否合格，科研项目的成果是否达标，硕士论文的选题是否创新，研究成果的实用性及在工作岗位上的实践成果的反馈。影响院校指标的主要因素有:课程的设置是否合理，教学质量是否过关，导师在工作岗位上的责任心是否到位，基地的建设是否稳固，管理的制度是否健全以及用人单位的认可度如何。
工程硕士教育质量保障体系的健全，除上述内部监管体系外，还有一系列的外部评价和监督系统。这作为政府管理培养有专门知识和技能的人才的教育的一种重要手段沿袭至今。可以说我国工程硕士教育至设办起，其教育的质量就一直很受到重视。国家采取相应的政策和措施辅助和支持培养单位的监督和评价工作。如在下放高校自主权政策后，对于工程硕士教育质量的保障，就成了一个问题。为了应对这些问题，我国工程硕士学位指导委员会提出应对措施，成立专家小组，监督和调查破格录取超低分考生的单位进行。虽然这样，但总体来讲，我国工程硕士教育的监督体系还不够完善，还需要不断的发现新问题，改正旧制度。
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