校内集中培养模式具有日常管理容易、导师与学生沟通较多、办学成本较低等优势，但由于社会散居生源较多，其突出问题是学生攻读学位多为白发的行为，所在单位的关心和支持不够。因此，工学矛盾较大，校外导师选聘和论文选题不易落实。采取的措施一是尽量将课程安排在学生工作相对空闲的时候，并进行严格考勤。
如重庆大学对校内班的课程就全部安排在周末或长假期问，对公共课实行助教跟班听课制，辅助任课教师考勤和协助教学工作，学生的到课率明显提高。其二，由学院负责与工程硕士研究生所在单位联系，沟通兼职导师选聘和论文开题等事宜，使培养工作更加落到实处。其三，由学院定期组织学生召开课题进展或学术讨论会，使学院和导师更好地掌握工程硕士研究生的学习和论文进展情况。
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