工程硕士专业学位的学位论文直接来源于生产实际或具有明确的生产背景和应用价值，高校培养出的工程硕士生质量好坏直接体现在硕士生所做的学位论文是否为企业解决了生产实际问题，是否产生良好的社会效益和经济效益，是否提高了工程硕士生解决问题的能力，以及从事工程设计、科学研究和攻克科学技术难关的能力。因此在工程硕士的培养过程中，学位论文工作是一个不可缺少的重要环节。
1、论文选题
根据有关规定，工程硕士的论文课题必须来自企业的生产第一线。要求论文选题内容来自企业生产和科研实际，能应用学科前沿新理论、新知识和新方法，去解决企业在工程技术中的难题，或开发出新技术、新工艺、新材料。
在选题方面，学校对创新有一定要求。而作为企业，它的主要标准是能用于实践，最终能够产生积极的效益。企业认为工程技术革新一般都有相当的难度，因此他们主张学生在选题时，具有相当的经济效益便是理想的工程硕士论文选题。这些具有显著经济效益的课题，其学术水平可能存在不足，在这种情况下就要解决好学校和企业在选题上的矛盾。
2、论文写作
学位论文要在学校和企业双导师指导下完成，要求学生能够综合运用基础理论和专业知识，分析和解决工程实际问题，论文实际工作时间均不少于1年半。但是在学生的论文写作过程中这些要求有时很难做到，学生与导师之间的交流一般不会出现问题，但是两位导师之间的交流以及学生与两位导师之间的三方交流由于种种原因实施并不顺畅。在写论文的过程中，这种交流对学生能否提交一篇优秀论文起到至关重要的作用。
3、论文答辩
有些学校在进行工程硕士的论文答辩时，答辩组成员由学校和企业抽调的人员组成，这时有可能出现答辩组不能客观评价论文质量的情况。他们认为学生只要能按照要求完成论文就不会出现问题，最终的结果是只要答辩的都能通过。另外有些学校为了追求毕业率，也会变相降低论文标准，最终使得论文的质量很难达到硕士的水平。
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