工程硕士在我国实施的时间较短，许多高校基本沿用传统的工学硕士培养模式对其培养，对这一新出现的研究生学位类型特征把握不够。课程教学作为影响研究生培养质量的最核心环节，对于工程硕士而言，其存在如下亟待解决的问题。

1、尚未形成符合工程硕士特点的课程体系

目前，大部分开展工程硕士培养的高校尚未建立起符合这一学位类型特点的课程体系，在课程编制，课程内容以及教材编写等方面还存在着诸多的不合理性。首先，课程编制缺乏科学性，课程设置较难实现培养目标的要求。许多高校工程硕士的课程设置与工学硕士的课程设置大抵相同，课程体系相对局限于特定学科范围之内，不利于学习者解决实践问题所需综合能力的培养；另一方面，课程的编制缺乏行业企业专业人才的参与，课程设计体现不出工程硕士应用性较强的专业特色。其次，课程内容的前沿性与应用性不够。前沿性知识在工程硕士课程中所占比重不高，教师在讲授课程内容的过程中涉及的工程实践的前沿性知识较少，没有紧跟工程实践的步伐。再次，尚未编写专用的教学用书。现在大多高校工程硕士采用的都是工学硕士的教材，更多注重理论的阐述，忽视了工程的实践应用特性，内容又相对陈旧，没有跟上产业发展的前沿实际。

2、工程硕士授课教师的工程实践经验不足

教师的知识结构背景及其实践经历情况在很大程度上影响着培养目标的实现。当前高校工程硕士教师工程实践经验不足的状况就是制约培养目标有效实现的重要影响因素。主要表现在三个方面，首先，教师的知识结构是学术型的。目前，高校中担任工程硕士课程教学的多为具有博士学位的教师，这类教师在自身长期的研究与学术成长过程中，重视开展理论性的研究，形成了学术型的知识结构，因而在授课过程中会不自觉地注重理论知识传授，而忽视实践指导。其次，教师工作期间与企业实践的接触缺乏制度保障。从事工程硕士授课的教师，其研究生毕业后大多直接从事理论教学，长期与企业相脱离，缺乏在企业中实习工作的经验，空有理论知识，在教学过程中不能及时为学生提供工程实践方面的知识。再次，高校实施的“理论本位”的教师绩效考核与职称评定制度。高校对于教师的考核考评参照的是教师的科研水平，重视教师的学术科研能力，而不太关注其实践教学能力的强弱，这导致多数教师为了职称的评定，一味追求理论学术上的突破，而忽视了实践经验的积累。

3、工程硕士的“双导师”制度仍不健全

导师是影响研究生培养质量的核心要素。当前我国高校工程硕士导师的学术知识结构，以及随着研究生招生规模的不断扩大而出现的师资紧缺状况，这使得工程硕士培养建立“双导师制”已提上紧迫的议事议程。但实际情况是，这一导师制度并未在实际培养过程中发挥出应有优势。主要体现在三个方面：第一，许多高校尚未建立双导师这一联合培养模式。由于工程硕士的培养在高校刚刚处于起步阶段，制度的不完善，尤其是利益与责任的不明晰，使得这一制度的实施裹足不前。第二，已建立起“双导师制度”的高校有形式化倾向。即便已建立起双导师制度的高校，由于对校外导师的遴选在很大程度上坚持的是社会影响力大于培养影响力，因而外聘导师没有过多的精力和时间指导学生,有些只在论文答辩时才临时出现,在整个学习阶段和论文工作中没有起到真正的实践指导作用，使双导师制度流于形式。第三，校内外导师指导责任不明确。由于缺乏完善的合作机制和制度规制，校内外导师对各自的责任不够明确，相互之间缺乏必要的沟通，使得对于学生的指导陷入真空，最后造成研究生没有导师指导，从而失去了实施双导师制度的应有价值。

4、工程硕士校内外实践基地的建设未落到实处

实践体系建设是工程硕士培养中的重要环节，但目前许多高校工程硕士的培养在实践教学环节中并未落到实处。首先，校内实践基地设施尚未做到物尽其用。随着培养有专门知识和技能的人才的教育投资的加大，许多高校已经建立了硬件良好的各类实验室，由于高校在政策方面的某些缺陷或者政策的不落实，学校内部软环境的建设不尽人意，实验技术人员的待遇偏低，导致技术人员的工作积极性降低，实验管理存在问题，工程硕士没有有效进入到实验室之中，多数实验设备缺乏充分利用。其次，高校与企业缺乏必要的信息沟通。企业对于高校提供的技术人才有着天然的渴求，但是由于二者信息的不畅，使得高校的工程硕士失去了许多参与企业实践的机会。再次，高校与企业尚未建立真正的利益共同体。企业与高校在合作方面追求的目标存在着较大差异。高校关注人才培养，注重技术突破与学科发展；而企业则是利润为本，将市场效益放在首位，在二者没有实现共同的利益认同之前，校外实践基地的建设将无法得到实质性的推进。