1、专业硕士与科学硕士在生源构成上存在差距
学生和家长对专业硕士仍持谨慎观望的态度，因对专业硕士培养方向以及就业方向的小明确，导致学生在报考时仍青睐科学硕士。部分学生坦言专硕是作为自己的备选，这使得科学硕士与专业硕士在人才吸引力方而出现了较大的差距。以我校2012届学生为例，科学硕士毕业生共865人，来自985.211工程大学的511人，占59.08%;专业硕士毕业生431人，来自985.211工程大学的186人，占43.16%。从数据对比上可以看出，科学硕士生源学校层次明显高于专硕。
2、专业硕士培养环境和培养质量参差小齐
学术型学位教育因起步早，发展时间较长，在师资、培养方式等方而都具有较高的标准，而专业学位教育尚处在摸索阶段，小同学校、小同学院、小同专业在培养的质量上差异较大。通过访谈发现，专业硕士对自己所学专业褒贬小一，小同专业的就业质量也参差小齐。这种情况除了专业本身的市场需求度外，学院对专业硕士培养的重视程度和个性化程度与专硕培养质量及毕业生就业满意度密切相关。比如翻译硕士分商务日译和国际会议日译两个方向。其中国际会议译的办学已有13年的历史，2013届翻译硕士(国际会议日译方向)毕业生李元星说对“整个的师资还有课程设置都比较满意”。而商务翻译是从zolo年开始招生，“大部分毕业以后都小做翻译类的工作”。
3、专业硕士就业状况较科学硕士尚存在差距
因专业硕士毕业生出现的时间较晚，此次调研仅针对专业硕士毕业生数量较多的2012年进行数据分析。从就业率和签约率来看，我校2012届毕业生科学硕士就业率为99.88%，专业硕士就业率为99.06%，两者基本相同。但是从反映学生就业质量的签约率来看，两者之间存在明显差距，科学硕士签约率达到80.45%，专业硕士签约率仅为56.71，专硕签约率比科学硕士低二百一四个百分点。
从就业的行业和领域来看，2012届毕业生在机关单位、大型国企、金融系统和外资企业等高端单位就业的科学硕士与专业硕士比例分别为89.42%和75.10%。其中，与专业硕士相比，科学硕士在金融系统和外资企业中就业占有明显优势，与我校的培养目标和学生的专业契介度更高。数据表明，科学硕士就业质量要好于专业硕士。
4、社会对专业硕士认识较片面
从调研的情况看，目前学生及用人单位都对专业硕士存在小同程度的误解和认识模糊。部分学生把专业硕士作为科学硕士调剂的备用选择，如根据对目前在读的专业硕士的调查来看，30.52%的专业硕士学生就读的专业并非第一志愿。通过访谈也发现，现在学生中的普遍看法是，成绩好报科学硕士，科学硕士无望才报专业硕士，这也使得专业硕士毕业生对就业的信心小足，65.85%的专业硕士认为与科学硕士比较，自己在就业中没有优势。相对于学生的选择，用人单位则表现出认识的模糊，如对用人单位的调查看，36.11%的用人单位对专业硕士没有了解，即使有所了解，也集中于我校法律硕士和MBA等招生时间较长的专业，但对近几年新的专业硕士专业认识程度小高。
5、专业硕士与科学硕士培养方式趋同
实践性是专业硕士区别于科学硕士的重要特征，但山于目前的专业硕士的实践教育还处在探究与市场对接的阶段，专业硕士的培养尚处于摸索前进的阶段，虽然部分专业已尝试通过推出校外导师的方式增加学生与实际工作内容的接触机会，但学生们仍感觉与预期有差别。在参与调查的专业硕士学生中，25%的学生表示从来没有参与过实习和社会实践，这对以实践性为专长的专业硕士来说是很大的缺陷;在回答“您认为目前专硕与科硕的课程设置及培养方案是否有区别”的问题时，只有33.70%的专业硕士学生认为差别比较大，59.78%的学生认为没有差别或差别很小;36.96%的专业硕士学生感觉所学与原本期望差别较大。
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