1、政府和高校对专业学位在职研究生教育政策宣传力度不够
由于政府和高校对专业学位在职研究生教育政策的宣传力度不够，导致用人单位对专业学位在职研究生的培养目标不了解，出现了“只认学术型不认专业型”的情况。
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2、高校对专业学位在职研究生的培养与学术型雷同，缺乏针对性
由于培养目标与学术型硕士生的不同，现有的人才培养模式和实施方案，显然已经不适用新形势下专业学位在职硕士研究生的培养。随着专业学位硕士研究生规模逐步扩大，有关专业学位硕士研究生的培养模式仍处在不断探索和改革当中。一些高校仅在现有的（针对学术型硕士）培养模式基础上略作改革，在课题内容、导师队伍、实践基地、培养质量评价、保障制度等多方面均尚未形成完善的体系，无法满足专业学位在职硕士生培养目标的要求。
（1）课程设置
目前，专业学位硕士在职研究生的课程主要是在参考学术型硕士研究生培养方案基础上，增加一些工程实践方面的选修课或方向课。课程设置思路仍局限于传统的培养模式下，很少能进行大胆改革。此外，工程经验丰富的教师严重不足使得一些与工程实践相关的课程难以达到理想效果。
（2)导师队伍
出于提升学校影响力的考虑，大多数研究型高等学校，一直把基础科学和应用基础科学研究作为学校科研工作的基本导向，学校的大部分教师往往以基础科学为研究对象，缺乏富有工程经验的教师队伍。部分学校着手实行了“双导师制”，即学校和企业各有一位导师指导全日制硕士专业学位在职研究生，但是目前这项制度还处于探索阶段。
(3）企业参与度
目前越来越多的校企合作在技术研发中，不太重视学生培养环节，企业和承担项目的教师均以完成项目为目标，特别是企业，在学生培养方面很少涉及，企业在学生培养方面的参与度也明显不足。
（4）工程实践
由于专业学位在职硕士研究生教育开展较晚，在高等院校，从指导教师、工程实践基地等方面均无法在短时间内满足需求，因此，目前专业学位在职研究生的工程实践普遍缺乏，在企业直接参加工程实践的经历则更少。
3、高校对专业学位在职研究生就业指导不够
在职研究生就业指导是高校就业指导工作的重要组成部分，相比本科生的就业指导工作，在职研究生就业工作没有得到应有的重视，在职研究生就业工作尚处在摸索阶段，缺乏有效的有力的推动，工作的创新不大。主要体现在：一是很多高校在结合本校研究生就业实际方面，缺乏推动在职研究生就业指导工作的创新工作平台，在职研究生就业指导工作力度有限。二是在推动在职研究生就业指导工作方面缺乏激励和约束机制，很多高校没有足够重视结合本校实际制定和实施有效的研究生就业指导工作的激励和约束机制。
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