目前，工程硕士的发挥在那劣势主要集中在师资、实践瓶颈和社会认同较低等方面。从师资子系统和实践子系统看，建立起一支高素质的师资队伍，落实“双导师制”、丰富实践资源都需要一定时间的积累，在短期内很难一赋而就，从而使得目标子系统的各项指标难以完全落实。同时由于工程硕士作为新推出的专业学位，加上之前社会对非工程硕士的培养质量评价较低，使得许多人误将单证的非工程硕士与双证的工程硕士混淆，对工程硕士持怀疑和观望的态度;并且社会上受“重学术、轻应用”观念的影响对工程硕士的认识不足等原因导致学生在报考时第一志愿往往选择工学硕士，从而致使工程硕士的生源质量较工学硕士低，对工程硕士发展造成了不利的影响。但这一现象随着工程硕士培养的全面展开、媒体的广泛报道、社会认识的逐渐转变，从目前的招生分数来看，己有逐渐消除的趋势。
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同综合型大学比，理工科高校学科多样性有所欠缺，不利于学生综合素质的培养和多学科的交叉融合。研究生的教育受传统工学硕士观念的影响仍然很深，导致一些高校不重视工程硕士的培养，将工程硕士视为“二等公民”，与工学硕士的培养区别对待，使工程硕士得到一些负面的评价。工程硕士招生规模逐年扩大，有限的教学、师资、实践资源难以满足其工程实践能力的培养要求，研究生的实践能力得不到很好的锻炼和提高，影响了企业的用人需求。
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