理工科高校工程硕士的威肋、主要来自三个方面:
(1）与综合性大学争夺生源的威胁。理工科高校实力雄厚的理工学科虽然对工程硕士专业知识、实践能力方面产生了较为积极的作用，但不利于其管理能力等综合素质的发展;综合性高校学科门类的全面发展，为工程硕士综合素质的培养提供了一个良好的氛围，形成了与理工科竞争生源的态势。
(2）理工科高校所在地的经济发展状况，直接影响到工程硕士教育资源的获取能力。地区经济发达，企业数量多、规模大，可以为工程硕士教育提供大量的实习、实践机会;反之，地区经济实力弱，企业数量少、规模小，则难以满足工程硕士实践能力的培养，高校则需另想他法来满足其实践环节的需求，无形中增添许多教育成本。
(3)工程硕士的培养受传统学术型工学硕士的影响，一方面难以摆脱工程硕士培养“学术化”的现象，另一方面社会对工程硕士的认识还不完全清晰，仍然存在着对工学硕士的盲目推崇，致使全日工程硕士的培养质量有所偏颇。
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