通过对工程硕士与工学硕士之间区别的分析，结合工程硕士培养的目标，在职研究生教育信息网老师认为，在工程硕士的培养中需要解决好以下几个突出问题:
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1、教师的“教学一学习一研究”相统一问题。在对工程硕士进行理论讲授中，教师需要结合工程实际，了解掌握工程硕士的实际需求，使工程硕士的学习达到学以致用的目的。因此，在工程硕士教育中，教师需要在讲授知识的同时，学习和研究学生所带来的现场实际问题。
2、工程硕士的“学习一研究一应用”相统一问题。即工程硕士生不但需要学习掌握本专业的理论知识，熟悉相关领域以及人文、管理等知识，更需要结合工作的实际，用这些知识去研究、解决实际工作中所面临的问题。
3、工程硕士的工学矛盾问题。工程硕士是在职人员，学习时间紧张，特别是担任领导职务者一，缺课较多。
4、企业实际应用与学校理论基础之间矛盾问题。企业主要是希望工程硕士结合工程的实际(学员自己的项目)来选课程，而学校想的是按工程领域来培养人才，认为按高层次人才培养的规律，工程硕士更需要打好工程领域的理论基础。
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