在南京理工大学EMBA教育开始初期，南京理工大学EMBA教育中心制订了相关的教学管理制度，但由于项目开办时间较晚，对在职EMBA教育的认识不够，所以规定都较为笼统，可操作性较差，尤其是师资培养、课程建设等方面的规定基本空缺，如对于EMBA任课教师的要求也主要限制在学历和职称上，对于其他要求则没有具体规定，而对于体现南京理工大学EMBA教学特色的案例教学，没有具体规定也是教学环节中很大的缺失。

同时，南京理工大学一方面对EMBA教育中心对案例的运用没有具体规定，可多可少；二是所运用案例几乎都是各任课教师对本学科内部的教学案例进行总结，南京理工大学EMBA教育中心并没有形成有规模的案例库。各项管理规定的不完善、不严谨限制了南京理工大学EMBA项目教学质量的提高。

还有，南京理工大学EMBA教育中心没有课程出勤的详细操作流程，完全由任课教师掌握，在大部分教师那里出勤制度成了一纸空文，极少有因为出勤不合格，取消考试资格的情况出现，同时，结课考试完全由任课教师组织，如果是撰写论文的话还可以另定交卷时间，结果是在以后的试卷收集、传递过程中经常会出现差错，丢失试卷的情况时有发生，二是有的同学从来没有参加过课程学习，也能跟随其他学生一起提交考试试卷，并获得学分，严重影响了南京理工大学EMBA的教学质量及学校声誉。