东南大学EMBA在教学上注重对学员综合素质的提升，三大模块教学给学员带来循序渐进的提升过程，使得学员自身不断“升值”。

根据EMBA项目的培养定位与培养目标，借鉴国外一流大学的成功经验，东南大学EMBA精心组织了适应工商界领袖人物培养的课程体系，拓展人才视野，体现国际化趋势，注重管理思想更新，着重提高管理精英总揽全局的素养和能力。

东南大学EMBA主体课程分为三大模块：核心模块、拓展模块和实战模块。同时，东南大学EMBA发挥东南大学的特色优势，在后续研究性学习中，突出“先进制造业创新战略”、“房地产开发与金融”、“奢侈品营销与管理”等有特色的培养方向，提供人才升值教育。

东南大学EMBA核心模块为必修课，包括“中国市场经济理论与实践”、“商务英语与沟通”、“管理经济学”、“战略管理”、“财务报表分析与税务”、“人力资源管理”、“营销管理”、“公司治理”、“企业伦理与社会责任”、“国际经济与商务”等课程。

东南大学EMBA拓展模块为选修课，包括“中国金融专题”、“前沿产业动态与机会分析”、“商业模式创新”、“企业价值链管理”、“知识管理与创新绩效”、“房地产与金融”、“高端消费群体研究与奢侈品营销”、“企业商法”、“企业跨国经营”、“企业组织架构与运营绩效”、“项目管理”、“文化与艺术鉴赏”等课程；

东南大学EMBA实战模块包括“市场高端策划”、“高级经理人设计”、“产品推广方案分析”、“商务谈判与合作”、“现场教学与研讨”、“游学观摩与项目考察”、“高管论坛”等。