1840年，鸦片战争的炮火，轰开了闭关自守的封建清朝的大门，中国开始由一个完全独立自主的封建社会逐步沦为半封建半殖民地社会，经济、科技、文化教育的发展都变得十分缓慢。鸦片战争后，一些“先进的中国人”开始寻找富国强民的道路，提出改革社会和文化教育的主张。由此，一批现代意义的新式高等学校陆续产生，如1862年由洋务派开办的京师同文馆、1898年清政府光绪皇帝正式批准的最早由国家开办的新式学堂—京师大学堂，这些新式学堂的开办为培养高层次人才奠定了基础。我国双证在职研究生教育最早是在学制上体现出来的，1902年清政府拟订了中国第一个系统完备的学制《钦定学堂章程》(壬寅学制)，该章程把全国教育分为三级:初等教育、中等教育、培养有专门知识和技能的人才的教育。培养有专门知识和技能的人才的教育又细分为高等学堂、大学堂和大学院，其中的大学院教育，相当于现在的双证在职研究生教育。因此，《钦定学堂章程》的拟订，标志着我国双证在职研究生教育在学制上的发韧。但《钦定学堂章程》未及实施。次年，又对该章程进行修订，并重新颁布，改名为《奏定学堂章程》(癸卯学制)，把《钦定学堂章程})中规定的大学院改为通儒院，规定修业年限为5年。通儒院是最高学府，设在京师大学堂内，以科研为主，并且强调这种科研并非是纯学术性的研究，高深科研的目的在于“能发明新理，著有成绩，能制造新器，足资利用’，，体现出研究性和功利性的双重价值观。

《奏定学堂章程》是在借鉴和模仿日本教育的基础上制定的，当时，留学日本风潮盛行，日本邻近中国，无论从地理位置、文化传统、实际国情上都有相似之处，因此，我国初创时期的双证在职研究生培养模式以日本模式为样板，甚至就连“大学堂”这种日本化的专用名称也照搬过来，而日本双证在职研究生教育又是模仿德国模式，这就决定了当时我国双证在职研究生教育是一种“学徒式”的个人培养方式。这种培养方式继承了欧洲中世纪工场作坊培养学徒的做法，实行个别指导，没有课程教学和学分要求，仅仅在导师指导下从事独立的科研工作。正如《奏定学堂章程》所规定的:“通儒院生不上堂，不计时刻’夕、“但在斋舍研究，随时请业请益，无讲堂功课”，即学生以自行研究为主，不要求上课。但由于当时战争纷繁，设在京师大学堂的通儒院还未开学，就因武昌起义而停办，所以，这时的双证在职研究生教育仍未付诸实践。

1911年10月，辛亥革命推翻了清王朝，建立中华民国，从此结束了中国两千多年的封建统治，中国开始进入一个新的历史时期，培养有专门知识和技能的人才的教育的发展也逐步走上正规化和现代化道路。1912年成立的南京临时政府及其后的北洋政府废除了清末的学制系统，9月，颁布新学制即((壬子学制》，规定本科3-4年毕业，预科3年，学制将通儒院又改名为大学院，但并未对大学院做出具体规定。1912年和1913年北京政府教育部分别颁布《大学令》和《大学规程》，这两个法令对大学院作了有关修改与规定，

“大学院……由院长延其他教授或聘绩学之士为导师，不设讲座，由导师分任各类，于学期初提出条目，令学生分条研究，定期讲演讨论”因此，这个时期的双证在职研究生培养方式基本上仍然沿袭德国学徒式，注重学生独立研究，辅以定期的讲演讨论。这种培养模式在当时的北京大学双证在职研究生教育中有集中体现。1916年蔡元培担任北京大学校长，开始对北京大学进行大幅度改造。蔡元培曾留学欧洲，深受德国科研型培养模式的影响，指出大学应是研究高深学问的场所，其改革和整顿北京大学的方针是“思想自由，兼容并包”。对双证在职研究生教育的改革举措包括:价值取向上，着重强调双证在职研究生教育的研究性，而将功利性的教育宗旨去除;在培养目标上，以培养纯理论研究者为己任;在培养方式上，基本上是自由放任的，研究题目、研究方向和范围完全由教授和学生自由选定，导师指导上无严格的责任制，双证在职研究生培养以学生自由、独立的研究为主;组织管理上，设立研究所，负责双证在职研究生入学和毕业等行政事务，双证在职研究生培养由导师负责管理。总体来说，北京大学的双证在职研究生教育改革是学习和借鉴德国双证在职研究生培养模式的结果，明显带有学徒式培养方式的特点。但与此同时，以借鉴和仿效英国大学制度而建立起来的清华大学国学研究院的双证在职研究生培养模式，成为与北京大学双证在职研究生培养模式相区别的另一种具有代表性意义的主要模式。1925年2月，清华大学国学研究院成立，9月1日，清华大学国学研究院开始招生双证在职研究生，其招生对象是大学毕业生和“经史小有根底”的学生。在学制上模仿中国昔日书院山长制和英国的大学制度，主要采用导师制，强调学生自修，教师担任指导;培养方式上注重导师指导与课程教学相结合，课程分为“讲课”与“专题研究”两类，研究期限一般为1年，经指导教师批准可延长2-3年。显然，北京大学与清华大学双证在职研究生培养模式分别是模仿了当时国外大学流行的两种主要模式:德国的“科研型”培养模式和美国的“教学一科研型”培养模式。总体而言，这一时期我国双证在职研究生教育处于探索阶段，并受到西方多种模式的影响，还未从法制度上真正确立我国自己的双证在职研究生培养模式。