由于博士生创新能力不足是我国社会诸多矛盾和制约因素的集中反映，因此，加强创新能力培养、提高博士生教育质量需要多管齐下、合力推进。
1、注重顶层设计，加快体制机制改革和条件建设。
提高质量是我国培养有专门知识和技能的人才的教育的主要议题，也是备受各方关注的系统工程，需要从战略高度、系统科学的角度进行顶层设计。一是改革博士生教育管理体制和机制。改变单一的、过分集中的制约博士生创新能力培养的宏观体制，落实博士生培养单位自主权，切实发挥培养单位在招生方式、招生规模、学科设置和培养模式等方面的主体作用，强化培养单位和导师的主体责任，强化办学主体的自律意识、责任意识和质量意识，建立严格的问责制。二是建立健全博士生教育质量保障体制建设。建立政府宏观管理、高校自主自律、社会参与监督的研究生教育质量保障体制机制。建立起严格的奖优劣汰机制，形成有利于激发博士生创新热情和创新实践的培养机制。建立毕业研究生的后续支持与就业信息反馈机制，保证博士生教育的延伸发展服务和质量跟踪服务。三是加大博士生教育的条件建设。扩大研究生教育经费来源，积极制定优惠税收政策，引导激发地方政府、企业、社会团体、民间机构以及个人投资教育的积极性。继续加大政府对高校的科研投入，改革研究经费的使用办法，使研究经费发挥人才培养的功能，健全奖助学金制度，大幅度提高博士生的待遇。切实加强师资、科研资料、实验设备、学术平台等支撑条件建设。
2、注重过程管理，建立开放灵活的博士生教育模式。
现代社会和科学技术的快速发展，往往在不同学科的交叉处产生新的生长点、形成新的学科，创造性成果有可能在新的生长点产生。这就需要建立开放灵活的博士生教育模式。首先，高校必须因时而变、因地制宜、因人而异地制定博士生培养方案，针对课堂教学、论文撰写及答辩、科研实践等环节精心制定博士生培养过程的管理办法。其次，充分发挥博士生导师的作用。导师要从自己的创新实践中发现创新能力形成发展的规律，并在教学科研过程中自觉将知识传授与创新思维相结合，从而发现创新潜能，捕捉创新思维，激发学生的创新激情，多层次、多角度地培养博士生的创新能力。再次，提高博士生教育与社会需求的主动适应力。开放灵活的博士生教育模式，既要体现在具体的培养过程中，又要体现在博士生培养体系与社会发展的良性互动关系中。
3、注重主体参与，构建博士生创新能力的内生机制。
创新能力的培养，归根结底在于博士生自身主动构建形成创新能力的内在动力和机制。一是注重创新人格的养成。创新人格是内生创新能力的前提，它主要包括：强烈的求知欲和好奇心，敏锐的直觉和洞察力，勤于思考和富有想像力，具有独创性和批判性的思维，具有严谨求实、刻苦钻研的科学精神，具有强烈的责任心、人文情怀和团队合作精神。因此，博士生要先学会做人、培养科学精神、强化责任意识、塑造健康心理等。二是建立合理的知识结构。坚实的基础理论、专业知识以及宽广的知识面是创新能力培养的基石。博士生在掌握好基础理论及专业知识的情况下，要尽可能地广泛涉猎其他方面的知识，还要在学习研究中善于提出问题，在探寻问题的答案中丰富自己的思想。三是注重创新思维的培养。创新思维是进行科学研究的基础，是内生创新能力的重要条件。博士生要积极求新求异，敢于争先，不能安于现状或迷信有说服力；要学会灵活变通和发散性思考问题，要善于发现新问题和新课题。四是主动广泛地参与科研实践。科研实践是发现问题和解决问题、知识加工和创新的过程，是博士生内生创新能力的关键。博士生要学会从纷繁的海量资料中提取有用的部分并且合理地进行利用，要善于观察和探究尚未被认识和发现的问题；要在科学实验过程中捕捉不寻常的现象，提出猜想假设，并尝试构造新的实验去证明之；要积极参与导师的课题研究或主动开展研究，积极参加学术交流和社会实践，从而在实践中学会学习、学会研究和学会创新。
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