由于在职研究生科研的主体、研究机制以及研究环境等的特殊性，使在职研究生科学研究具有一些其他一般的科学研究所没有的特点。
（1)选题内容范围广，并具有前沿性。在职研究生在校期间，或多或少都从事各种类型的科学研究活动。尤其近几年，全国大多数高等学校对在职研究生在校期间发表学术论文都有一定数量的规定，并相应设立在职研究生科研奖励基金，从制度上、机制上都作了相当大的完善，极大地激发了在职研究生参与科学研究活动的热情。在职研究生除参与导师课题研究以外，独立地从事科学研究的比例逐年增加。目前在职研究生的科研选题主要有导师承担的课题、导师推荐的课题、自由选题等几种选题形式。选题范围相当广泛，并且具有一定的前沿性。尤其是社科类课题的研究，表现为自由选题的占多数，选题范围更为广泛，前沿性的研究居多。
（2)选题形式趋向短平快、风险小的课题。因我国在职研究生培养制度上对在职研究生的毕业年限有严格的控制，并且大多数高校规定在学位论文答辩前要有一定级别的文章发表，使在职研究生产生较大的压力。所以，在职研究生往往选择一些短平快、风险小的课题，而回避出成果时间跨度大、有一定风险、创新性强的课题，有“急功近利”的倾向。而这类课题往往是独立自由研究，缺乏团队合作攻关的精神培养。致使创新性不够或创新程度不高。因此，应实行在职研究生弹性学制，把“创新”作为在职研究生论文的重要质量指标，增强在职研究生攻克前沿课题的信心。
(3)在职研究生科研的稳定性、能动性不够。以出国深造和工作为目标的在职研究生不在少数，尤其是办学水平较高的高校。在在职研究生就读期间，忙于考GIE、托福的在职研究生比例也不低，占用了一定的学习、科研时间，在职研究生从事科研的稳定性不够。同时，因在职研究生往往从事低水平的开发性研究，或者参加各种科研项目，是一般的辅助人员，限制了他们的独创性和能动性。因此，在创新良好条件同时，应该大胆地把在职研究生尤其是博士生推向研究工作的第一线，安排他们参加重大项目的合作研究，甚至由他们担任课题研究的技术负责人，培养他们独立从事科学研究的能力，充分调动他们的创新性和能动性。
(4)立足基础性研究和传统学科研究，缺少开发性研究和跨学科研究。由于我们在职研究生的培养的传统和惯性主要倾向于理论研究，培养学术性人才。同时受到我国新兴学科发展水平不高以及新兴学科师资力量紧缺等限制。目前，在职研究生的科研很大程度上集中在一些基础学科和传统学科的研究，从事高水平开发性研究、跨学科研究、产学研合作研究的数量不多。因此，一方面要在新的起点上开展有利于保持学科领先地位的基础研究;另一方面加强引导在职研究生从事高水平开发性研究、跨学科研究等具有一定前瞻性、创新性的研究。
(5)在职研究生科研指导力度不够，国内外合作交流缺乏。在职研究生从事科学研究，不论何种形式，都需要导师的指导。导师的学术背景、科研经验、治学态度、创新性思维方法等对在职研究生都有深刻的影响。但因近几年在职研究生招生规模的进一步扩大等原因，在职研究生科研的指导力度相对不够。同时，我国在职研究生的科研参与国际合作情况远落后于发达国家，甚至比不上一些发展中的国家。在职研究生参加具有较高学术水平和科研水平的国际学术报告与研讨的机会相当少，甚至参加国内的合作与交流的机会也很少。因此，我们要尽量创造有利条件，让在职研究生有更多机会参加各类国内外科研合作与交流。
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