根据管理学中的激励理论，激励的过程本身就是一个完整的、封闭的、循环的系统，而这个系统的建立应当包括激励目标的设定、激励政策的制定和激励效果的评价三个部分。因此围绕着这三个部分，激励体系相应地由咨询决策机制、激励调动机制和评价评估机制所组成，以保证激励的整体效果。
激励体系建立的目标在于寻求组织与个人在目标、行为上的内在一致性，从而达到两者之间在行为及其效果上的良性循环。管理学中的双因素激励理论提出激励分为激励因素和保健因素两个部分。因素激励理论出现在20世纪50年代末期，理论建立者赫茨伯格和他的助手们在美国匹兹堡地区对二百名工程师、会计师进行了调查访问。
访问主要围绕两个问题:在工作中，哪些事项是让他们感到满意的，并估计这种积极情绪持续多长时间;又有哪些事项是让他们感到不满意的，并估计这种消极情绪持续多长时间。赫茨伯格以对这些问题的回答为材料，着手去研究哪些事情使人们在工作中快乐和满足，哪些事情造成不愉快和不满足。结果他发现，使职工感到满意的都是属于工作本身或工作内容方面的;使职工感到不满的，都是属于工作环境或工作关系方面的。他把前者叫做激励因素，后者叫做保健因素。目前，我国虽然有不少高校开展了跨学科教育和研究活动，但是这些活动在一定程度上呈现自发或盲从的现象。跨学科的活动既没有咨询和决策机构为其发展提供专门的建议和专业性的指导，发展过程中也缺少校内外评估机构进行有效的评估。同时我国高校在进行在职研究生跨学科教育和研究中既缺少资金和实验设备、实验场所这样的保健因素，也缺少适合绩效评估机制和晋升评优机制这类的激励因素。
因此由于激励不足目前我国高校师生表现出缺少从事跨学科教育和研究动力不足的现象。必须根据在职研究生跨学科教育和研究的特点设计适当的外部奖酬方式和工作环境，以一定的行为规范和惩罚性措施，借助于信息沟通，激发、引导、保持组织内成员的行为，使组织成员在达到个人目标的同时，有效地实现组织目标。
在整个激励体系中，咨询决策机制主要是依据组织和成员的发展要求设置适当的目标，围绕既定目标通过激励调动机制激发组织内部成员的积极性，再运用评价评估机制对成员行为所产生的结果和预先设置的目标进行比较，不断对激励过程和设置目标做出合适的和及时的调整。激励体系的建立可以实现导向作用、反馈作用、诊断作用、激励作用和鉴定作用。通过激励体系可以保证在职研究生跨学科教育和研究向正确的方向发展，即满足社会和学校建设的需要，又充分考虑到在职研究生教育的特点及规律。
通过激励体系可以获取大量的、丰富的反馈信息，为在职研究生跨学科教育和研究的主管部门提供决策依据和参考资料。通过激励体系可以客观地、科学地认识自己，发扬成绩，改进不足，提高质量，完善管理。通过激励体系建立优胜劣汰的竞争机制，给师生以某种精神上的满足，激发人们的工作热情，增强成就感。通过激励体系可以评估对象的优劣程度或是用评估结果来衡量评估对象是否符合跨学科活动发展的趋势。
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