目前，由于研究生招生制度对于选拔适合进行跨学科教育和研究的人才存在的弊端，当前的考试方式很难全面反映在职研究生考生的科研素质与创新潜能。一些跨学科报考的考生，在没有系统掌握所报考学科基础知识的情况下，通过对专业课的考前突击就能考上。
同时，现有的培养方案的设置对于在职研究生考生是否是跨学科考入没有明显地区别。以国防科大2002版管理科学与工程一级学科博士研究生培养方案为例，在课程学分上要求总学分不低于14分，其中政治理论2学分，外语2学分，数学不少于2学分，管理科学与工程学科核心课程不少于6学分。在课程设置上跨学科考上的研究生与本学科考上的研究生没有区别，课程设置统一化倾向突出，对个体之间的差异关注不够，难以满足不同学生的个体要求;培养方案过于刚性，缺少自主选择性;学生选课范围十分有限，不能满足跨学科学习课程的要求。具体来看，在硕士阶段主要体现在学制年限的问题上。硕士研究生的学制年限自1978年恢复考研以后基本上定为2.5一3年。
这对单学科研究生培养来说，基本可满足在职研究生知识理论的积累，但对跨学科研究生来说，跨学科后的专业基础就很薄弱。如果相关专业基础与理论课的学习不能得到加强，缺乏起码的基础理论积累，就不利于跨学科在职研究生的基础理论向深度和广度拓展，研究生的研究能力、创新能力和综合素质也很难培养起来。而在博士培养阶段比较突出的问题是在于课程质量上。由于机制、师资、研究水平等方面的原因，大部分高校的博士生教育既开不出硕士课程水平之上、足够门数的基础性课程，也开不出类似美国的足够门数的高级课程。对于研究生的跨学科教育这个现象更为明显。在国外，高校对于开设跨学科课程有着一定的标准和要求。例如加州伯克利大学规定，跨学科课程必须满足三个条件:一是这门课程面对的研究领域必须跨越两门学科以上，组成新课程的主干可以是历史的、地域的或问题为中心的;二是综合课程的研究领域不能被现有专业或学科替代;三是这种综合在现实中是切实可行的。
对于博士、硕士培养中共性的问题不仅体现在我们国家大部分高校比较难开出高水平的、带有跨学科性质的基础和高级课程，而且在对于跨学科在职研究生研究能力的训练和进行跨学科研究所应具备气质的隐性课程的建设也比较忽视。具体表现为重课程的学习，轻能力和实践的训练;重好成绩高分数的获得，轻团队协作、开放大气精神的培养。如何将多学科的知识转化成为跨学科综合研究能力，如何培养研究生作为未来的研究人员所应具备的合作精神，在这些问题上我国高校还缺乏有效的措施，进而影响和制约跨学科研究生教育所取得的培养效果。
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