新增硕士学位授予单位是指获得学位授权时问不长，在职研究生教育经验严重不足的高校或科研机构，如2014年才开始招收在职研究生的40所单位，这些单位正处于新形势下的学位与在职研究生教育发展初级阶段，存在的问题与矛屑较为突出。
1、在职研究生教育的定位和规范性问题
新增硕士学位授予单位基本上都是在本科院校的基础上发展起来的，办学定位为教学型院校，长时问以培养知识型人才为主，而在职研究生教育以培养高层次、创新性的学术型人才为主要任务，功能定位以研究为主，教学为研究打基础。本科教育和在职研究生教育培养目标的差异性决定了人才培养过程和教学方式的不同，这些单位在在职研究生教育的初期阶段由于在职研究生教育资源匾乏、师资力量薄弱、导师经验不足以及管理体制不健全等原因在培养方案的制定、教学方式的选择、课程体系的设置等方面存在一系列的问题，其中最大问题就是在职研究生培养目标不明晰，课程设置与教学方式本科化。因此如何处理本科教育和在职研究生教育的衔接问题，合理定位并规范在职研究生教育是新增硕士学位授予单位必须首先解决的问题。
2、管理体制与培养模式的选择问题
我国在职研究生教育自恢复以来，经过30多年的发展，学位制度从无到有，在职研究生教育规模从小到大，培养能力从弱到强，形成了一个较完善的、具有中国特色的学位与在职研究生教育体系叫。在三十余年的探索和创新中，各在职研究生培养单位结合自身发展状况积累了许多宝贵的学位与在职研究生教育工作经验，并逐步建立了一套适合自身情况且行之有效的在职研究生教育管理体制和培养模式。由于不同在职研究生培养单位，在职研究生教育的起步阶段不一样，学校的办学定位、规模、学科体系以及所掌握的在职研究生教育资源存在差异，因此产生了形式多样的在职研究生管理体制和培养模式。比如在管理体制方面就存在统一管理和分级管理、目标管理和过程管理等不同方式叫，在培养模式方面存在弹性学制、培养预警机制、导师组模式、分类培养模式等不同方式。
新增硕士学位授予单位由于缺乏在职研究生教育的经验，在管理体制与培养模式的选择上存在着学习模仿和自主创新的矛屑。
3、扩大招生规模和提高培养质量的矛屑
自1999年高等学校实行扩招以来，我国的在职研究生教育规模迅速扩大。招生人数从1999年的9. 22万人，增加到2013年的60. 8万人。在在职研究生规模快速发展的同时，质量问题日益受到教育界及社会各界的关注，招生规模和培养质量如何协调的问题一直是各在职研究生培养单位热烈讨论和研究的课题。在这十几年的跨越式发展中，各在职研究生培养单位一直在努力探索，大胆创新，积极寻求解决规模与质量矛屑的途径，不少院校正是在这种探索性的发展过程中逐步经过了规模扩张期，慢慢摆脱了规模与质量的矛屑，并把提高在职研究生培养质量和如何培养创新型人才作为学位与在职研究生教育的工作重心。
然而，新增硕士学位授予单位基本上都是教学型的院校，他们希望通过在职研究生教育提升办学层次、科研水平和竞争实力，逐步实现从教学型院校向教学研究型甚至研究型院校的转变，要实现这个目标，就必须大力发展在职研究生教育。因此，对于新增硕士学位授予单位来说，在职研究生教育面临的主要问题是扩大规模，但是现阶段的外部环境却是如何进一步提高在职研究生培养质量。新增硕士学位授予单位由于面临在职研究生教育经验不足和在职研究生教育资源短缺两大问题，很难做到规模和质量的协调发展，因此选择先扩大规模还是选择先提高培养质量就成为这些单位必须解决的问题。
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